A、雷特综合症的成因是X染色体上的CDKL5基因发生突变引起的，属于单基因遗传病，而伴X遗传具有交叉遗传的特点，A正确；
B 、CDKL5是神经元树突发育和形态发生必需蛋白质的，CDKL5异常很可能引起神经发育异常和功能障碍，B正确；
C、CDKL5基因高度表达的蛋白质是神经元树突生成和形态发生所必需的结构物质，所以不是神经传递质，C错误；
D、蛋白质CDKL5是神经元树突生成和形态发生所必需的，则CDKL5基因发生突变可影响神经元细胞间的兴奋传递，D正确．
故选：C．
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