國家清廉指數是通過如下方法得出的：
1.獲得清廉指數的測評數據。清廉指數使用的測評數據並不是透明國際開展調查所獲得的第壹手數據，而是綜合了多份有關調查報告經過數據處理得到的。其得出有兩個重要階段:壹是測評數據的選擇和使用，二是對測評數據的技術處理。
2.求出清廉指數。2012年之前，清廉指數主要采取百分比匹配法進行標準化處理，是利用新的報告數據和前壹年的清廉指數進行匹配測定，因此只有在新的報告數據和前壹年清廉指數都被列入的國家才能進入新壹年的清廉指數測評。測評數據主要選自壹些獨立機構的調查報告，主要有兩方面要求：壹是所選報告的腐敗指標必須對國家間進行了量化評價；二是所選報告的腐敗指標必須是與腐敗高度相關的。
2012年開始，清廉指數測評開始運用新計算方法，即簡單平均法。將原來的10分制改為100分制，變化主要體現在報告數據來源選取的變化和簡單平均法的應用上。
首先是數據來源選取標準的提高，報告數據必須來源於專業機構、反映的必須是公***部門的腐敗問題、要有定量差距、對於各個國家的評分必須是在統壹標準下進行的、應當是連續的。
其次是簡單平均法的數據處理過程。透明國際認為，簡單平均法是在現階段清廉指數的最佳改革方法，該方法使得清廉指數具有了連續可比性，數據處理過程不再與前壹年的得分結果相聯系。
說明，清廉指數的測評方法存在著缺陷。
首先，是數據來源的局限性。第壹，所選報告的調查對象範圍多為專家和商業人士。商業人士為什麽能夠成為評價腐敗程度的主體，這個問題在有關報告中沒有給出具有說服力的解釋，我們不能認為那些具有跨國經營管理經歷的商人更了解他國的腐敗狀況；第二，所選報告大多沒有提供調查樣本數量和規模，這降低了有關報告中腐敗評價結果的可信度。例如在2010年清廉指數所選的所有報告中樣本數量最多的為13000份左右，而亞洲情報通訊報告的調查樣本僅為1750人，這樣的調查規模卻要對全世界各個國家的腐敗狀況進行測評，顯然缺乏科學性。第三，所選報告被測評的國家數量差距很大，這就隱含了國家評價標準的不壹致性。
其次，是計算方法及結果展示的局限性。清廉指數的本質是對二手數據的加工應用，因此，不管如何改進，都無法改變計算方法使用二手數據可能存在缺陷的本質問題。雖然透明國際意識到百分比匹配法所存在的巨大缺陷，而改用簡單平均法，但仍然沒有解決數據來源的權重問題。