该论坛版块主要分为两类，即学科分类讨论区和综合讨论区。学科分类讨论区根据人文社会科学、自然基础科学、工程技术科学分为10大专辑板块。此外，综合讨论区还设有自由讨论区，网友们可以自由发表关于人生、关于学术、关于社会的各种思想和观点。
CNKI学术论坛目前开设有169个主题论坛，覆盖几乎所有学科范围。其中，168个主题论坛（除了综合讨论区）按照学科性质分成10大专辑：
（1）自然科学与基础科学类学科：数学物理力学天地生专辑
（2）资源环境科学类及轻工业等工程类学科：化学化工冶金环境矿业专辑
（3）各种工程类学科（除化学化工冶金环境矿业专辑及电子技术及信息科学专辑中的学科）：机电航空交通水利建筑能源专辑
（4）农、林、牧、渔四大领域学科：农业专辑
（5）医药领域及其相关边缘领域学科：医药卫生专辑
（6）人文历史领域学科：文史哲专辑
（7）政治军事和法律领域学科：政治军事与法律专辑
（8）社会科学领域和教育学领域学科：教育与社会科学专辑
（9）电子信息科学领域及信息传播管理领域学科：电子技术及信息科学专辑
（10）经济领域及各种管理类学科：经济与管理专辑
数学物理力学天地生专辑下包括13个论坛版块：自然科学理论与方法、数学、非线性科学与系统科学、力学、物理学、生物学、天文学、自然地理学和测绘学、气象学、海洋学、地质学、地球物理学、资源科学。
化学化工冶金环境矿业专辑包括14个论坛版块：化学、无机化工、有机化工、燃料化工、一般化学工业、石油天然气工业、材料科学、矿业工程、金属学及金属工艺、冶金工业、轻工业手工业、一般服务业、安全科学与灾害防治、环境科学与资源利用。
机电航空交通水利建筑能源专辑包括15个论坛版块：工业通用技术及设备、机械工业、仪器仪表工业、航空航天科学与工程、武器工业与军事技术、铁路运输、公路与水路运输、汽车工业、船舶工业、水利水电工程、建筑科学与工程、动力工程、核科学技术、新能源、电力工业。
农业专辑包括10个论坛版块：农业基础科学、农业工程、农艺学、植物保护、农作物、园艺、林业、畜牧与动物医学、蚕蜂与野生动物保护、水产和渔业。
医药卫生专辑包括28个论坛版块：医药卫生方针政策与法律法规研究、医学教育与医学边缘学科、预防医学与卫生学、中医学、中药学、中西医结合、基础医学、临床医学、感染性疾病及传染病、心血管系统疾病、呼吸系统疾病、消化系统疾病、内分泌腺及全身性疾病、外科学、泌尿科学、妇产科学、儿科学、神经病学、精神病学、肿瘤学、眼科与耳鼻咽喉科、口腔科学、皮肤病与性病、特种医学、急救医学、军事医学与卫生、药学、生物医学工程。
文史哲专辑包括24个论坛版块：文艺理论、世界文学、中国文学、中国语言文字、外国语言文字、音乐舞蹈、戏剧电影与电视艺术、美术书法雕塑与摄影、地理、文化、史学理论、世界历史、中国通史、中国民族与地方史志、中国古代史、中国近现代史、考古、人物传记、哲学、逻辑学、伦理学、心理学、美学、宗教。
政治军事与法律专辑包括17个论坛版块：马克思主义、中国***产党、政治学、中国政治与国际政治、思想政治教育、行政学及国家行政管理、政党及群众组织、军事、公安、法理法史、宪法、行政法及地方法制、民商法、刑法、经济法、诉讼法与司法制度、国际法。
教育与社会科学专辑包括13个论坛版块：社会科学理论与方法、社会学及统计学、民族学、人口学与计划生育、人才学与劳动科学、教育理论与教育管理、学前教育、初等教育、中等教育、高等教育、职业教育、成人教育与特殊教育、体育。
电子技术及信息论坛科学专辑包括10个版块：无线电电子学、电信技术、计算机硬件技术、计算机软件及应用、互联网技术、自动化技术、新闻与传媒、出版、图书情报与数字图书馆、档案及博物馆。
经济与管理专辑包括24个论坛版块：宏观经济管理与可持续发展、经济理论及经济思想史、经济体制改革、统计、农业经济、工业、交通运输经济、企业经济、文化经济、信息经济与邮政经济、服务业经济、贸易经济、财政与经济税收、金融、证券、保险、投资、会计、审计、市场研究与信息、管理学、领导学与决策学、科学研究管理。