與大麻病毒不壹樣，香港病毒感染硬盤主引導區時，並不是把原主引導區內容搬個家，在啟動過程中還要用到原主引導區，而是將病毒體覆蓋掉原引導區內容，造成永久的破壞。在修復被香港病毒感染的硬盤時，必須用正常的引導扇區的引導程序去覆蓋掉原引導區內容，造成永久的破壞。在修復被香港病毒感染的硬盤時，必須用正常的引導扇區的引導程序去覆蓋病毒體，並保留分區表信息。有的清病毒程序只用正常引導程序覆蓋了部分病毒體，另壹部分殘余仍留在主引導扇區內，雖然已不再起作用，成為殘骸碎片，但會引發某些病毒檢測程序發出錯誤警報，使人認為硬盤中的香港病毒還沒有被清除出去。CPAV就是這樣的壹個清病毒程序。相信這個問題在其新版本中會得到解決。
香港病毒內部有個計數器，當啟動32次之後，PC機的串行通訊口和並行通訊口1的基地址將被清零，造成打印機使用的並行口和接調制解調器的串行口不能工作，給使用這些設備工作的人造成假像，好像是硬件設備有問題。香港病毒的好幾個別名都來源於此。
它的另壹個表現形式是使軟盤工作不正常，當使用DIR命令查看A：驅動器中的軟盤目錄時，經常是更換了軟盤之後，列出的文件名仍是前壹張軟盤的內容。實際上軟盤上的文件目錄是各不相同的。
通過比較正常引導扇區的內容和香港病毒所在扇區的內容，是很容易區別兩者的。