我國註冊會計師行業的政府監管主體有：財政部門的監管、審計部門的監管、．證券監督管理機構的監管。
我國註冊會計師行業監管制度的發展歷程主要經歷了以下幾個階段：
第壹階段，財政部門主管註冊會計師工作。1980年，我國開始恢復註冊會計師制度，當時成立會計師事務所需要有壹個局級的行政或事業單位作為掛靠部門，性質上屬於全民所有制。
在這種體制下，財政部門作為會計的主管部門，在行業協會沒有成立前，理所當然地承擔了主管註冊會計師工作的職責。
第二階段，財政部門和審計部門同時管理社會審計。從1984年審計部門成立了審計師會計師事務所開始，隨後財政部門成立了中國註冊會計師協會，審計部門成立了註冊審計師協會，在很長壹段時期內出現了註冊會計師與註冊審計師、會計師事務所與審計師會計師事務所、註冊會計師協會與註冊審計師協會並存的局面。
1993年10月31日《註冊會計師法》的頒布，明確了財政部門依法對註冊會計師、會計師事務所和註冊會計師協會進行監督和指導。但社會審計行業的管理權限問題並沒有得到解決，財政部門和審計部門關於社會審計的歸屬問題的爭論壹直存在。
第三階段，註冊會計師協會統壹管理註冊會計師行業。1995年全國的“兩所、兩師、兩會”合並後，中國註冊會計師協會作為壹個獨立的部門，負責統壹管理全國註冊會計師行業，從而結束了長期以來的財政部門與審計部門行業管理權限之爭的問題。
註冊會計師協會的作用是，壹方面作為財政部門的壹個職能部門(事業登記)，以財政部門的文件形式行文發布各類規章制度；另壹方面作為行業協會(社團登記)，對行業內部行使行業管理職責。
第四階段，財政部門和註冊會計師協會監管職能分離。2002年11月14日，財政部發布《關於進壹步加強註冊會計師行業管理的意見》，將原委托註冊會計師協會行使的行政管理職能予以收回，註冊會計師協會負責行業自律管理。至此，我國註冊會計師行業形成政府監管與自律監管並行的格局。