森田所指的不良感受包括軀體和精神兩個方面：軀體癥狀如頭痛、頭重、心悸、不眠、疲勞感、胃部不適等；精神方面的癥狀則有緊張、焦慮、記憶力差、註意力不集中、雜念恐怖、強迫觀念、強烈的羞恥感、對人恐怖、罪惡感、人際關系不良等。這些都是森田神經質的易感癥狀表現。森田教授反對把神經質作為壹種病來看待，這也更讓患者不關註病癥，就當作心靈感冒那樣來治療，有利於患者的恢復，其實從本質上來講就是壹種心理困擾而已，並不是病。但為了科學研究方便，根據患者癥狀把神經質癥分成三類：普通神經質癥、強迫神經質癥、焦慮神經質癥。森田療法主要的適應癥是所謂“神經質”。大致包括當今分類中的焦慮癥、恐怖癥、強迫癥、疑病癥、神經癥性睡眠障礙等。但對某些強迫癥患者作用不太明顯。森田認為發生神經質的人都有疑病素質。他們對身體和心理方面的不適極為敏感。而過敏的感覺又會促使進壹步註意體驗某種感覺。這樣壹來，感覺和註意就出現壹種交互作用。森田稱這壹現象為“精神交互作用”，認為它是神經質產生的基本機制。森田療法的基本治療原則就是“順其自然”。順其自然就是接受和服從事物運行的客觀法則，它能最終打破神經質病人的精神交互作用。而要做到順其自然就要求病人在這壹態度的指導下正視消極體驗，接受各種癥狀的出現，把心思放在應該去做的事情上。這樣，病人心裏的動機沖突就排除了，他的痛苦就減輕了。
森田學說的理論體系不是出自某種理論的延伸或實驗室的結論，而是來自森田先生自身的神經癥體驗和他多年的臨床實踐經驗的總結。森田療法的核心理論是精神交互作用說。森田認為：“所謂精神交互作用，是指對某種感覺如果註意集中，則會使該感覺處於壹種過敏狀態，這種感覺的敏銳性又會使註意力越發集中，並是註意固定在這種感覺上，這種感覺和註意相結合的交互作用，就越發增大其感覺，這壹系列的精神過程，稱為精神交互作用”。該作用常是神經癥形成的原因。精神交互作用從本質上來講是左腦和右腦的沖突，左腦和自主神經系統的沖突。正常人都會有這樣的情緒體驗，在陌生人面前講話緊張、當眾演講緊張臉紅害怕、偶爾睡眠不好、出門擔心門沒鎖好、心理面閃現出了壹些骯臟的念頭和擔心手沒有洗幹凈患病等，普通人就任憑這些情緒的起伏，不進行幹涉，但是有些人就喜歡通過語言腦左腦來進行幹涉。例如當眾講話緊張，他就會勸說自己壹定別緊張啊，要放松，結果就越來越緊張。人的頭腦裏的念頭壹般情況下是接連不斷的出現的，只有通過冥想、禪修、把註意力投放到外界或觀心等才能夠讓思維暫時停止，佛家說的念念不斷，就是這個道理，念頭本無好壞之分，只是左腦喜歡給任何事情貼上標簽，試圖去控制這些念頭，管自己不該管的事情，自然就會造成心理沖突。著名心理學家羅傑斯曾經說過：“當看著日落時，我們不會想去控制日落，不會命令太陽右側的天空呈桔黃色，也不會命令雲朵的粉紅色更濃些。我們只能滿懷敬畏的望著而已。”，對待這些念頭，我們只需要順其自然，讓它自生自滅就可以了，不需要過多的幹預。這些反應都是由直覺腦、自主神經系統來控制的，只需要憑著直覺去處理就能夠做的很好，但是多管閑事的左腦卻強詞奪理，自然會制造內心的沖突。人的大腦都是隨著不斷的反復而加深記憶的，通過這樣不斷的反復，人就會越來越痛苦。這就有點類似於計算機的死鎖現象，五臟六腑就像是壹些可用的資源，左腦要進行控制，右腦和自主神經也想控制，這樣互相爭奪資源就容易造成死鎖。對於有些計算機基礎的人來說，大家在寫程序的時候，假如代碼陷入了死循環中，那麽應用程序的運行就會有問題。精神交互作用就有些類似程序的死循環。對於其治療原理，順其自然，忍受痛苦，為所當為，就是帶著所有的不舒服的癥狀，去做自己該做的事情，分散了註意力，自然而然就擺脫了精神交互作用的束縛。這也很像計算機解開死循環的方法，讓它跳出死循環，順序的執行下去，每壹段程序處理不同的事情，自然而然的就恢復了應用程序的正常運行。人的大腦也類似於計算機，只是人類的大腦是數以億計的神經元組成神經網絡來處理信息的，大腦中的神經元分成許多不同的區域。有時候這部分的神經元處於興奮狀態，另外的神經元處於抑制狀態，就有點像多任務多進程的操作系統壹樣，但是處於激活狀態的任務始終只有壹個，這也和我們的心理活動機制相壹致，人的註意力很大程度上只能放在壹件事情上，壹心不能二用。
中國的青年心理學家壹修提出的醒悟療法的核心是接納和覺知。接納是所有宗教的本質，也是思維的重要陷阱，保持了對自己癥狀的接納，對自己過去經歷的接納，對自己相貌等所有的接納，對周圍的人的接納，就能夠獲得內心的平和，擺脫心理的沖突。森田療法的忍受痛苦，為所當為。忍受痛苦這個詞，也許是由於翻譯的不太恰當，忍受痛苦，其實還是對癥狀的不接納，只是壹味的忍讓。這個也是醒悟療法對待森田療法的改進之處。覺知，就是自己對自己保持清晰和客觀的認識，對自己的癥狀的發生機制有個清晰的了解，對癥狀保持壹種旁觀的姿態，看著各種念頭自生自滅，而不進行橫加幹預，做自己該做的事情。覺知是壹個很簡單的心理體驗，它壹直就在我們身邊，我們只是忽視了它的存在。它是我們解決難纏的神經質癥的壹把秘密的金鑰匙，之所以說“秘密”不是因為它多麽高深和隱諱，只是因為我們以前對它的熟視無睹。醒悟療法認為，妳不需要做到什麽徹底的覺知，只要嘗試著、甚至可以是三心二意地去“覺知”妳的神經癥，妳的神經癥也會第壹次真正開始瓦解。壹修老師提醒大家，在他的教材中的所有這些內容不是讓妳去盲目而教條地遵從的，而是可以通過妳對生活的細致觀察，通過妳對生命的真實經歷來驗證和領悟的。他最痛恨的就是別人強加在自己頭上的什麽理想、規範和教條，不管他是什麽大師、佛陀、權威、天王老子，除非通過我們自己的觀察和體驗知道它們確實是生活的真理、生命的真諦。醒悟療法已經集結成冊，但是語言和文字只是真理的載體，很多人可能容易受到語言和文字的束縛。佛家有句話，指月之指非明月，指，就是語言和文字，也可以說是理想、規範和教條，月，就是真理，真理只能夠通過直覺來領悟，不能夠完全通過語言來進行表達。在心理咨詢中心有壹個這樣的案例，有個神經癥患者述說他的煩惱，說他喜歡通過語言來安慰自己，例如什麽事情都往好處想，要樂觀積極向上等，剛開始的時候用這些詞句來安慰自己很有效果，但是反過來壹想，自己壹整天的翻來覆去把壹句話說了好多遍，只要自己覺得焦慮就拿出來安慰自己。壹開始是有效果的，後來只是機械的說這句話都麻木了。過了段時間又換壹句話來安慰自己。後來他就產生了很大的疑惑，到底該用哪句話來安慰自己呢？自己怎麽那麽喜歡用這些條條框框來框住自己才覺得心裏踏實呢？人是否需要自己這樣調整自己的心情。其實，這位朋友就是受了語言文字的束縛，其實這就是文字遊戲，不管怎麽表達，背後都是指向同樣的真理的，真理只需要憑著直覺去領悟就可以了，並不需要拿這麽多條條框框來束縛自己的思想，憑著直覺去生活就可以了。佛家早就領悟到了語言和文字的束縛，所以什麽事情都喜歡通過這個、那個、如是來進行表達。
森田療法和醒悟療法在本質上是壹樣的，都強調對生活的壹種接納，對自己癥狀的接納，保持壹種自然而然的生活態度，不進行不必要的幹預制造內心沖突。只需要帶著癥狀去做自己該做的事情，所有的癥狀自然而然的就會消失，通過領悟人們會發現，這些癥狀都是無中生有的。在日本，森田療法不僅僅是用於心理疾病的治療，還作為壹種生存的基本技能和法則來教育大家。