兩者的主要區別在於：主要內容不同、代表不同、意義不同。
1、主要內容不同：形而上學為壹個哲學分支學科，對存在的研究。它亦被提出為是對科學以外、無形體、不可證明的事物的研究；近代形而上學唯物主義，在總結自然科學成就的基礎上，豐富和發展了唯物主義。
2、代表不同：當哲學在古希臘成為知識形式以後，由於所形成的對存在之為存在的形式化的研究不斷深入，盡管柏拉圖曾告誡應註意理念的作用，亞裏士多德還是主觀的把存在歸結於形式；17世紀英國的唯物主義者有培根、霍布斯、洛克；18世紀法國的唯物主義者有拉美特利、愛爾維修、狄德羅、霍爾巴赫；19世紀德國的唯物主義者費爾巴哈（近代唯物主義的集大成者）。
3、意義不同：形而上學根據可證實性原則還是可驗證性原則，形而上學命題都被批判者視為是沒有意義的言說，形而上學命題表面上看具有綜合命題的語法形式，實際上是不可能得到任何經驗的證實或驗證的；形而上學唯物主義客觀存在的物質實體，物體是不依賴於人們思想的東西，它是世界上壹切變化的基礎。
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百度百科-形而上學唯物主義