日本“肯定列表制度”幾乎對所有農業化學品在食品中的殘留都做出了規定，設限數量之廣、檢測數目之多，限量標準之嚴格，可以說前所未有。因此，“肯定列表制度”必然會或大或小地影響各國（地區）對日本農產品的出口。2006年6月，由於日本實施“肯定列表制度”、提高蜂王漿技術指標，中國蜂王漿企業已開始遭遇退貨，使蜂王漿成為最早遭受這壹制度影響的中國商品。
日本是中國最大的農產品出口市場。近年來，中國對日本的農產品出口額保持持續增長，對日出口農產品占中國農產品出口總額基本保持在30%左右，主要涉及肉類及制品、食用蔬菜、水果制品、水產品及谷物等五大類產品。其中，雞肉制品、鰻魚、大米、香菇等45種商品，茶葉、蘑菇罐頭、紅小豆等15種商品，海帶、玉米、蘋果汁等商品。日本分別是中國第壹、二、三大出口市場。根據日方進口統計資料．中國幹鮮香菇、木耳、保鮮大蒜、蘆筍罐頭、大蔥、保鮮豌豆、水煮筍、烤鰻、蜂蜜等商品在日本進口中的比重均占90%以上；胡蘿蔔及蘿蔔、綠豆、蕎麥、紅小豆、菜花、板栗、姜、花生仁果、茶葉、冷凍草莓、洋蔥、腸衣、蘋果汁、松茸、梭子蟹、香腸、冷凍菠菜等商品的進口份額均在50%以上。
由於中國出口日本的農產品規模大、品種多，並且大多數產品在日本進口市場中占有較高份額。因此，“肯定列表制度”必然對中國輸日的農產品產生深刻的影響。
1．“肯定列表制度”使對日農產品出口受阻
目前，中日農業化學品殘留限量標準差異大。中國農業化學品殘留限量標準尚不健全，不但設限項目少而且限量要求低，與“肯定列表制度”有很大差距。“肯定列表制度”對516種農藥制定了具體的限量標準，而中國對其中的405種農藥未制定任何限量標準，占總量的78%．涉及187種（類）農畜產品和32061條限量標準。“肯定列表制度”對236種獸藥和飼料添加劑制定了具體限量標準，中國對其中120種未制定任何限量標準，涉及畜禽及水產品45類，限制標準1824條。中國農業化學品殘留限量標準寬松。對同壹種產品，日本暫定限量標準嚴於中國現行限量標準的農業化學品74種（類）、247項，占總量的25%。可見，“肯定列表制度”實施後。在這樣的標準體系下生產的農產品出口日本容易受阻。
據日本厚生勞動省公布的各口岸衛生檢疫所資料統計顯示：2004年中國是出口日本農產品及食品被檢驗出不合格並被扣留批次最多的國家，全年統計477批次，占日本扣留總批次的43%。日本厚生勞動省在2005年5月至9月期間參照“肯定列表制度”中的新標準對來自中國、美國和泰國等20個國家（地區）進行的農藥殘超標摸底檢查也顯示：在違規的114件數中，中國占40件，違規比高達35%．其中17種農產品農殘超標。以大蔥為例，對莠去津殘留檢查255件，違規1件，莠去津超標1.5倍；對三唑磷（三落松）殘留檢查510件，違規2件，三唑磷（三落松）超標2.25倍。中國農產品在日本進口查驗和“肯定列表制度”的摸底調查中違規比例較高。因此，“肯定列表制度”實施後．中國農產品必然會成為日本衛生檢疫部門的重點查防對象。
2．“肯定列表制度”將使出口成本增加，影響企業經濟效益
日本“肯定列表制度”大幅度增加了農業化學品的限量數目、檢測項目，全面提高了檢測標準。生產或出口農產品企業為達到進口標準，需要對農、獸藥殘留進行準確的檢測和有效的監控，必然要增加科研和設備投入：檢測項目的驟增無疑會大幅增加企業的檢測費用：此外由於某些病蟲害的特效藥禁止噴灑，將可能導致產量下降，或者迫使企業去尋找更加昂貴的替代品，同樣導致出口成本的大幅增加。企業出口成本的大幅增加勢必會使農產品的競爭更加激烈，可能會迫使某些粗放型企業和零散的、小規模企業徹底退出日本市場。
日本“肯定列表制度”大大提高了農產品出口企業的出口門檻，增加了企業經營風險。極大地影響了企業的經濟效益。設限數目、檢測項目的大幅增加使產品出口難度加大。在“肯定列表制度”中，僅“暫定標準”涉及到的農業化學品、食品和限量標準，就分別是過去全部規定的2.8倍、1.4倍和5.6倍。每種農產品、食品涉及的殘留限量標準平均為200項，有的甚至超過400項，檢測項目預計將增加5倍以上。例如，豬肉、大米的檢測項目數將分別從原來的25、129個增加至428、579個。數目驟增的設限檢測項目，嚴格的限量標準．特別是被喻為“世界上最苛刻的農殘比”的“壹律標準”無疑會使出口產品農獸藥殘留超標風險加大，增加企業產品出口日本的難度。檢測項目增多勢必會加長檢驗周期，而產品在口岸滯留時間越長越會增加不確定因素，很可能會使企業貽誤商機。特別是對出口時令生鮮品的企業來說．更是面臨著更大的經營風險。
3．“肯定列表制度”將波及農產品上遊企業
日本“肯定列表制度”不但會對對日出口農產品企業產生直接的、重大影響．而且也會波及到這些企業的上遊企業、整個產業鏈。甚至會影響到某些地區的經濟發展。影響這些相關人員的收入、就業和相關企業的經濟效益、產業部門、局部地區的發展。以禽肉產品為例。如果禽肉產品出口日本受阻，不但會影響到屠宰加工廠商的利益。而且還會向上影響到養殖場，飼料加工廠，乃至種植玉米、大豆等農民的收益。嚴重的話甚至會產生大量失業人員，引發壹系列社會問題，影響社會的安定發展。中國山東、遼寧、浙江、福建和河北等農產品出口日本的主要出口地區，對日出口占其農產品出口總量的比例分別高達39%、49%、41%、49%和47%。對日農產品出口受阻將嚴重影響這些地區的經濟發展。
4．“肯定列表制度”將對中國部分農產品出口產生重大影響
根據商務部對外貿易司和中國食品土畜進出口商會聯合公布的《對日出口農產品風險評估報告》”肉類制品、蔬菜、水果及制品、水產品、食用菌、茶葉、谷物受“肯定列表制度”影響最為嚴重。其中，大蔥、茶葉、鮮香菇、鰻魚等產品在日本實施“肯定列表制度”後，有可能被列入首批重點檢查清單，出口受阻風險最大。花生（及制品）、蜂蜜、大米等產品出口受阻風險則次之。
以烤鰻為例，“肯定列表制度”的實施將會對中國烤鰻出口產生巨大影響。日本是中國第壹大烤鰻出口市場．中國鰻魚在日本進口鰻魚市場中也占據首位，同時，中國烤鰻業與日本存在激烈競爭關系。從2002年開始，日本對中國烤鰻啟動數起關於汞、磺胺類、恩諾沙星殘留、孔雀石綠和硝基呋喃藥物調查。持續的技術壁壘使中國對日出口烤鰻大幅度下降。鰻魚養殖場面臨的出口壓力越來越大，部分烤鰻出口企業也長期處於停產狀態。2006年3月．日本厚生勞動省做出決定，“肯定列表制度”實施後，將立即對中國進口烤鰻實施硝基呋喃類藥物代謝物命令檢查。2006年5月29日，“肯定列表制度”正式實施。面對劇增的檢測項目、苛刻的檢測標準、復雜的檢測程序、昂貴的檢測費用以及飄忽不定的“壹律標準”，盡管現在是出口烤鰻的黃金季節，中國絕大多數出口烤鰻企業卻不敢貿然出口，而是選擇停產，靜觀其變。據悉，目前，中國廣東的烤鰻廠已經全面停產。