1、性質不同：股票期權是由交易所設計的標準化合約；權證是非標準化合約，由發行人確定合約要素，除上市公司和證券公司獨立創設外，還可以作為可分離債的壹部分壹起發行。
2、發行主體不同：股票期權沒有發行人，每位市場參與者在有足夠保證金的前提下都可以是期權的賣方；權證的發行主體主要是上市公司、證券公司或大股東等第三方。
3、持倉類型不同：在股票期權交易中，投資者既可以開倉買入期權，也可以開倉賣出期權；對於權證，投資者只能買入。
4、履約擔保不同：期權交易的賣出開倉壹方因承擔義務需要繳納保證金（保證金數額隨著標的證券市值變動而變動）；權證交易中發行人以其資產或信用擔保履行。
5、行權後效果不同：認購期權或認沽期權的行權，僅是資產在不同投資者之間的相互轉移，不影響上市公司的實際流通總股本數；對於上市公司創設的權證，當認購權證行權時，其發行公司必須按照認購權證上規定的股份數目增發新的股票份數，也就是說認購權證每被執行壹次，該公司的實際流通總股本數都會增加。