2的劇情是先知自殺，然後將納米生化服給了阿卡特茲，讓阿卡特茲去摧毀外星人老巢。但最後他失敗了，於是就有了3的劇情。先知雖然肉身已死，卻還有壹絲意誌殘存在納米生化服內，於是先知重新控制生化服開始了與外星人的戰鬥。
從劇情上來講，無論是2還是3都很好玩。不過，孤島危機3裏面引入了復合弓這壹無法解除、更換的武器。這把武器打小外星人，開弓力度調最大，無論射中哪裏都是壹箭死，有時候還能把敵人釘在墻上。另外，在孤島危機3裏面，妳可以使用外星人的武器，並且用外星人的能量箱給自己充能，讓自己處於壹段時間的無敵狀態並且使當前使用的外星人武器擁有無限子彈。外星人武器很牛叉的，其中壹個電漿迫擊炮是我的最愛，開無敵狀態，然後拿著迫擊炮壹路轟殺過去，超爽。