1、開設範圍不同。目前在藥學和臨床藥學在醫科院校或者藥科大學開設較多，生物制藥主要在綜合性大學或者藥科大學開設。
2、學科等級不同。藥學是壹個壹級學科，生物制藥和臨床藥學都是它的二級學科，也就是這個學科下的分支。
3、所學內容和學制會有所不同，藥學學制4年，學的比較多，中西藥都要學，但是西醫院校偏化學，各種化學，中醫院校偏方劑學等；西醫院校包括藥理藥劑藥分藥化四大藥和醫學院常規課程比如系解，生理等等以外，也會多開設中藥方面的學科，但是只作為了解。
臨床藥學學制5年，學的內容和藥學大同小異，但是會要求多1年的醫院臨床實習；生物制藥會偏向微生物和分子生物壹些，但是化學也是壹直要學的。
4、學位也有壹點差異。大多數學校是把藥學和臨床藥學劃分到理學，生物制藥劃分到工學或者理學。畢業以後拿到的是理學或者工學學位而不是醫學學位。
就業方向：藥學以後的就業面向醫院，藥企，藥廠，藥店，政府藥監部門等；生物制藥是生物制藥、生化企業和醫藥管理部門從事技術管理、生產、產品開發工作。