1.分析速度快、分離效率高、速度快和靈敏度高，柱效可高達每米數十萬塔板、適用於帶電樣品的分離等。
2.毛細管電泳具有樣品消耗少、實驗試劑成本低等優點。
3.操作簡單、適用面廣、是最常用的HPCE模式。
4.毛細管電泳又稱高效毛細管電泳，是指以毛細管為分離室，以高壓電場為驅動力的壹類新型現代電泳技術。毛細管電泳引入高的電場強度，改善了分離質量，具有分離效率高、速度快和靈敏度高等特點，而且所需樣品少、成本低，更為重要的是它又是壹種自動化的儀器分析方法。
5.毛細管電泳法與高效液相色譜壹樣同是液相分離技術，在很大程度上兩者互為補充，但無論從效率、速度、用量和成本來說，毛細管電泳法都顯示了它獨特的優勢。