市住房和城鄉建設委員會 市科學技術委員會
市教育局 市公安局
市監察局 市民政局
市司法局 市財政局
市人力資源和社會保障局 市國土資源局
市審計局 市統計局
市物價局 市工商行政管理局
市質量技術監督局 市食品藥品監督管理局
市安全生產監督管理局 市投資促進委員會
市金融發展辦公室 正在籌建中…… 市環境保護局
市規劃局 市城市管理局
市交通運輸局 市農業委員會
市水利局 市商務局
市旅遊園林局 市文化廣電新聞出版局
市衛生局 市體育局
市人口和計劃生育委員會 市民族宗教事務局
市人民防空辦公室 市政府僑務辦公室
市政府外事辦公室 市政府法制辦公室
市市級機關事務管理局 市國有資產監督管理委員會
中央和省垂直管理的部門
市國家稅務局 市地方稅務局
市氣象局 南京煙草專賣局
南京鹽務局 南京海事局
中國人民銀行南京分行營業管理部
市政府派出機構
南京市高新技術產業開發區管理委員會 南京市經濟技術開發區管理委員會
南京市仙林大學城管理委員會 南京化學工業園管委會
其他單位
市信訪局 市保密局
市檔案局 市供銷合作總社
市公積金管理中心 市地方誌編纂委員會辦公室
中山陵園管理局 雨花臺烈士陵園管理局
河西指揮部 地鐵指揮部
紅花機場建設指揮部 市地震局
無線電管理委員會 市國資集團
市城建集團 市交通產業集團