首先要去除低質量的序列，這個壹般測序公司已經給妳做好了，軟件SolexaQA。然後回來妳可能要校正錯誤序列，軟件SEECER。這時候妳的fastq文件就變成fasta了。然後妳拼接序列啊，用Triity，拼好後可以進行blast比對，看有沒有匹配。還可以用blast輸出的文件做blast2go，得到GO號，做GO的註釋，KEGG pathway分析。還有進行差異表達基因的分析分等等，我現在說的是沒有參考基因的轉錄組數據處理。還有有參考基因的，那個不用從頭組裝，把妳的序列和參考基因比對就行。要往具體了說就太多了，我可以給妳壹些資料。
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