中心由林毅夫、張維迎、海聞等從海外歸來的經濟學家於1994創建，林毅夫教授為第壹任中心主任。2008年5月，林毅夫赴任世界銀行副行長兼首席經濟學家後，中心主任由周其仁暫任。2008年-2012年11月周其仁任北京大學國家發展研究院院長。2012年11月起，姚洋擔任國發院第三任院長。
2008年，在北京大學中國經濟研究中心基礎上 ，北京大學國家發展研究院（NSD）組建， 中國經濟研究中心（CCER）作為國家發展研究院（NSD）內設機構（由於歷史的影響現如今，大眾所指ccer或中心就是如今的國家發展研究院），將集中精力組織學術、科研活動，推進經濟學科建設，繼續為中國經濟的改革和發展、為當代經濟學理論的研究做出貢獻。姚洋教授擔任中國經濟研究中心（CCER）主任，趙耀輝教授、朱家祥教授擔任中國經濟研究中心（CCER）副主任。 中心設有互聯網頁，介紹中心的基本情況，及時發布中心的研究成果和報道中心的各項活動。中心還建有中國經濟學教育科研網，以促進中國經濟學界的交流，該網已經成為中心發起的“中國經濟學年會”的官方網站。
CCER的發展，得到了北大領導和社會各界的支持，凝聚了壹批具有***同理想和信念的師生員工的心血。回顧過去，展望未來，CCER將與時俱進，努力為中國經濟的改革和發展、為經濟學的教學和科研做出更大的貢獻，使中國經濟研究中心成為壹所中國第壹、世界壹流的科研、教學機構。