後來，由於印加皇帝瓦伊納·卡帕克(Vaina Capac)的兩個兒子瓦薩卡(Vasca)和阿塔爾(Atal)之間的沖突，隨之而來的內亂使這個古老的帝國輕易地被西班牙殖民者弗朗西斯科·皮薩羅征服。1853年8月，皮薩羅吊死阿塔瓦爾帕皇帝後，率軍進入庫斯科，印加帝國逐漸消失。皮薩羅征服印加帝國的主要目的是掠奪印加帝國的豐富寶藏。庫斯科的印加居民早就聽說了皮薩羅軍隊的殘暴。西班牙殖民軍到來之前，已經帶著印加皇帝和皇後的木乃伊以及大量珍貴的金銀財寶逃之夭夭。據說，印加王朝的幸存者穿越了秘密的山路，逃到了安第斯山建造的印加帝國最神秘的古城。
為了掠奪更多的金銀財寶，西班牙殖民者在安第斯山脈的群山和叢林中反復尋找這座神秘的古城。然而，他們從未發現任何蹤跡。在隨後的300年間，仍有不同目的的探險者穿行在庫斯科周圍的叢林中，尋找這座神秘的印加古城，卻壹無所獲。所以，有人幹脆說，根本沒有神秘古城。
1911六月，有壹位在美國耶魯大學學習拉美歷史的年輕老師，海勒姆A？秉著執著的信念，賓漢姆帶著兩個朋友和幾個當地的印第安人，開始沿著烏魯班巴河流域尋找神秘的印加古城。經過壹個多月的跋山涉水，仔細詢問當地居民，終於在庫斯科西北部烏魯班巴河兩座險峻的山峰之間找到了這座隱藏了400多年的印加古城。因為無法知道它的原名，所以借用了附近壹座山的名字，稱之為馬丘比丘。從此，隨著謎底逐漸揭開，古老的馬丘比丘開始向現代社會傳遞它曾經輝煌的帝國文明。雖然遺址只剩下壹片廢墟，但原始繁榮時期的壯觀景色依稀可見。
馬丘比丘距離印加帝國首都庫斯科約122公裏。它建在距離烏魯班巴河面2400米高的山脊上，占地約9萬平方米。古城街道狹窄有序，宮殿、寺院、作坊、堡壘各具特色。這些建築都是用淺色花崗巖建造的，幾乎每塊石頭都有好幾噸重。在壹座廟宇的祭壇上，有壹個由重達100多噸的花崗巖石板制成的祭壇。這些石頭建築不需要砂漿和水泥，大大小小的石頭完美契合，連壹個刀片都插不進去。沿著山坡有許多石頭房子。這些建築由石階相連。有壹座1000多級石階的堡壘。據估計，僅市內花崗巖建造的房屋就足以容納2000多人。城市後面的山坡上有100個完整的梯田，每個都有幾百英尺長，10英尺高。還有用碎石築成的溝渠。梯田裏的土壤是從峽谷裏運上來的。其工程之浩大可想而知。智利著名詩人聶魯達曾在他的長詩《馬丘比丘之峰》中寫道:“我看到古老的石頭建築鑲嵌在青翠的安第斯山群峰之間。風雨以來的激流侵蝕了城堡幾百年……”
馬丘比丘的發現引起了全世界學者的極大興趣。壹系列問題隨之而來。壹個強大的帝國為什麽要建造這樣的空中樓閣？建築的位置和難度是當時的生產力水平無法承受的負擔。印加統治者為什麽選擇在這裏建造城堡？多年來，考古學家對這座神奇的古城有過許多猜想。
最有說服力的猜測是祭拜神靈。印加人崇拜太陽，太陽神是他們最重要的神。印加國王稱自己為“太陽之子”。選這麽高的位置建這麽大規模的城市，就是為了離太陽近壹點。他們視太陽為“燃燒的火鷹”，渴望用壹塊“太陽綁石”將燦爛溫暖的太陽永遠留在天空。時至今日，太陽崇拜仍在印加人中間流傳，在這座古城裏隨處可見關於太陽崇拜的建築。現代考古學家推斷，馬丘比丘不是壹座普通的城市，而是舉行各種宗教祭祀儀式的活動中心。壹些人通常住在這裏照顧寺廟和祭壇，大多數人直到宗教節日才來這裏。考古學家在城市中發現的頭骨大多是女性頭骨，他們推斷這些都是祭祀太陽神的祭品。
馬丘比丘的建築都是用巨石建成的，沒有砂漿的痕跡。在那個蠻荒時代，能達到這樣的科技水平是個謎。更重要的是，古代印加人是如何把那些巨石搬到哪裏的？在崎嶇、狹窄、危險的山脊上把巨石運送到山頂幾乎是不可能的！秘魯科學家認為，印加人並沒有在懸崖上搬運巨石，而是在山頂就地取材。他們在選定的山頂上采集巖石、制作石塊，在山頂開辟了壹片9萬多平方米的開闊平地，建造了壹座古城。然後剩下的石頭和碎石都被扔下了懸崖，留下了這座位於山頂的奇跡般的古城。
關於印加古城還有很多未解之謎，比如為什麽會消失？後來發現的100多個頭骨和木乃伊帶來了怎樣的古文明信息？由於至今沒有發現文字記載，馬丘比丘古城依然充滿未解之謎和無限吸引力，等待我們去探索。
這座神秘的印加古城在被埋沒了幾個世紀後終於重返人間，如今已成為舉世聞名的旅遊考古勝地。世界各地的遊客慕名而來，每年接待50萬遊客。從古印加首都庫斯科到馬丘比丘，有壹條專門為遊客修建的高山鐵路。全長只有幾十公裏，窗外的景色險峻而美麗。有人甚至將其視為世界七大古跡之壹，稱之為“空中城堡”，以填補古巴比倫“空中花園”的空白。聯合國教科文組織宣布馬丘比丘古城為世界文化遺產。