東漢時，獻縣的管轄範圍與西漢相同，只是將金桑縣改為金城縣，宜州縣以西的六個縣劃歸新設的永昌縣，魏縣以後並入西隋縣。
三國時期，諸葛亮在漢朝的基礎上對郡縣設置進行了調整:益州郡改為建寧郡，益州郡所屬的聖秀郡、本古郡劃歸新設的興谷郡，金城郡、西遂郡等6郡也劃歸興谷郡；吳起縣改名西豐縣，也屬興谷縣；烏丹(今彌勒以西的盤溪、華寧)、通河、婁江等原屬獻縣的縣劃歸建寧縣。
西晉太史六年(270年)，晉武帝將益州下轄的建寧、興谷、雲南、永昌四縣劃為寧州。
公元589年，隋朝滅南朝，統壹南北分裂的中國，在今天的曲靖設立南寧府總管理處。
唐武德五年(622)，交趾郡改為交州。
唐武德七年(624)，南寧總督府改為巡撫府，貞觀元年(627)廢止。
唐條祿元年(679)，在膠州設安南都護府，現居越南河內。今天，紅河州東南部的屏邊、蒙自、河口三縣屬於安南胡夫。南詔前期，拓東節南控區僅及今紅河、元陽、盧純、金平四縣，紅河以北，紅河以南，東南的蒙自、屏邊、河口、馬關、文山等地仍屬唐代安南都護府管轄。
公元765年，南詔建拓東城，不久設拓東節。拓東節軍事防區仿唐朝設置府、州、縣、郡。建水縣位於境內。在壹些民族地區，至今仍有部，包括米盧部(今瀘西)、彌勒部(今彌勒)。
唐太宗八年(854年)後，南詔拓東街渡接管七洞(今河口、馬關)，同時獲得“唐末蠻”(今紅河、元陽、金平、綠春等地傣族)居住的地方。不久南詔撥出拓東街渡南部，設立海導總督署，大部分領土歸其所有。
大理政權後期改為秀山縣，轄阿超部(今建水縣)、那樓部、石屏驛、木澤市(今蒙自)等。相當於壹個縣級行政區。下轄鐵榮店部(今紅河縣東南)、四托部(今紅河縣西)、板溪部(今紅河縣西南)、七溪部(今紅河縣東南)、大店(今金平縣)。後從秀山縣分出設置寧府，轄曲中(今開原東南)、阿馬布(今屏邊)、社子部(今蒙自縣東老寨)、哈米布(今開原市區)。
大理政權後期，廢除拓東節，設立石城縣，米盧部、彌勒部隸屬石城縣。元十三年(1276)，雲南省建立後，廢除了原來的千戶、千戶、百戶等軍事組織，設置路、州、府、縣，疆域分屬臨安路、虎尼路、廣西路。明代將元代的臨安路和虎尼路合並為臨安府，設在建水州，轄6州5縣9長官司，大部分在今天的紅河州。又改廣西道為廣西府，轄彌勒等三州。
清朝沿用了明朝在雲南的設置，但也有壹些變化。乾隆三十五年(1770)，廣西府降為廣西直隸州(今瀘西縣)，原州降為縣。直隸府，即現在的潞西縣，轄彌勒等三縣。同年，建水府也降為建水縣。清代臨安府轄3州5縣28地方官。有建水縣、石屏縣、阿美族地區(今開遠市)、蒙自縣、那樓茶店縣(通往建水縣南部、元陽縣和盧純縣部分地區)長期官司，羅甸縣長期官司(位於紅河縣包華區朝陽村)，左能寨村長期官司(位於包華區嘎塔村、 紅河縣)和長期官司在四妥甸縣(位於紅河縣)的副都督Xi楚甸的官司(位於今紅河縣南石頭村)、瓦紮甸的官司(位於今紅河縣中部嘉蔭區)、阿邦土社(位於今個舊市南阿邦村)、慢吞吞的土社(位於今紅河縣東北慢吞吞村)、貢吾卡土巴總經理(位於今元陽縣東貢吾卡)、十五猛土張寨(位於今建水縣
光緒十四年(1888)，在臨安設置駐防道，駐守蒙自，統領臨安、華凱、廣南三州。
民國三年(1914)，林鍇光道改為蒙自道道，民國三年(1929)廢止。蒙自路轄建水縣、個舊縣、阿米縣、蒙自縣、石屏縣、廣西縣、彌勒縣等16縣及河口防洪區。31 (1942)年7月，雲南省第三行政督察辦公室在建水成立。1947 65438+2月，第三行政區改為第五行政區，仍在建水，並於1949遷址。原第二行政區改組為第三行政區(在彌勒)，1949年3月遷至路南。第三行政區改為第五行政區後，轄建水、石屏、曲溪、開原、個舊、蒙自、屏邊、金平10縣、龍武管理局、河口，進行汛期監督。第二行政區改為第三行政區後，彌勒、蘆溪、路南(今石林)三縣歸其管轄。1949 12、滇南人民行政公署在建水成立。
1950年2月更名為蒙自地區行政督察辦公室，3月駐地遷至蒙自。18年2月，更名為雲南省人民政府蒙自地區專員公署(以下簡稱蒙自特派員公署)，轄蒙自、屏邊、開原、個舊、金平、建水、石屏、曲溪、元江(18)。
1954年，紅河哈尼族自治區成立，自治區人民政府駐元陽縣新街。原陽(新街)、紅河(郁可唯)、金平，原屬蒙自地區，現劃入紅河哈尼族自治區。
1956成立六村辦事處(縣級行政單位)，為紅河哈尼族自治區派出機構。紅河哈尼族自治區轄3個縣，1個辦事處。
1957 165438+10月18紅河哈尼族彜族自治州成立，自治州人民委員會駐蒙自縣。原由紅河哈尼族自治區領導的元陽、紅河、金平，以及蒙自區所屬的蒙自、屏邊、河口、石屏、龍武(龍鵬鎮)、曲溪、建水、開遠、彌勒縣等8個縣，劃入紅河哈尼族彜族自治州。彌勒彜族自治縣改為彌勒縣。下轄12縣和1辦事處。
1958個舊，原省政府直屬，劃歸紅河哈尼族彜族自治州。自治州人民委員會由蒙自縣遷至個舊市。撤銷開遠縣，並入個舊市、文山縣；撤銷蒙自縣，並入個舊市。撤銷流村辦事處，合並原流村辦事處區域和金平、元陽兩縣部分區域，設立盧純縣(在大興村)。紅河哈尼族彜族自治州轄1市，11縣。
1960年，撤銷曲溪縣，並入建水縣；撤銷龍武縣，並入石屏縣。恢復個舊市領導的開原、蒙自兩縣。
1961，原屬個舊市領導的開原、蒙自兩縣劃歸紅河哈尼族彜族自治州直接領導。
1962(中心鎮內)恢復瀘西縣城。原瀘西縣於1960隸屬曲靖地區時撤銷，並入彌勒縣)。紅河哈尼族彜族自治州轄1市和12縣。
7月1963，1，屏邊縣改為屏邊苗族自治縣；7月11，河口縣改為河口瑤族自治縣。紅河哈尼族彜族自治州轄1市、10縣和2個自治縣。
1981年1月65438+8日，國務院批準:撤銷開遠縣，設立開遠市(縣級)。紅河哈尼族彜族自治州轄2市9縣2自治縣。
1984 65438+2月5日，國務院回復:紅河縣哈阿鄉梅鋪村劃歸玉溪市元江哈尼族彜族傣族自治縣管轄。
1985 6月11國務院批復:撤銷金平縣，設立金平苗族瑤族傣族自治縣。原金平縣行政區域為金平苗族瑤族傣族自治縣行政區域。紅河哈尼族彜族自治州轄2市8縣3自治縣。
2003年6月29日，國務院正式批復:紅河哈尼族彜族自治州人民政府駐地由個舊市遷至蒙自縣。
2010 9月10日，經國務院批準，民政部正式批復:撤銷蒙自縣，設立蒙自市。
2013年3月，經國務院批準，民政部正式批復:撤銷彌勒縣，設立彌勒市。