在新世紀到來、兩岸關系發展到新的歷史階段後，這本書無論在理論上還是在實踐上都具有重要意義。
首先，該書具有重要的理論價值。
近十年來，兩岸關系的學術研究產生了許多研究成果。不過，這是第壹部以“通史”形式出版的超過百萬字的巨著。從這個角度來說，這本書是有創意的。本書作者站在21世紀的高度，系統研究了從2萬年前到3萬年前的史前時期兩岸關系的歷史發展演變，探尋其發展規律。可以說，該書的出版開辟了兩岸關系研究的新領域，彌補了這壹領域學術研究的不足。
從結構和體系上看，該書從史前時代開始，以臺灣省考古發現的3萬年前從大陸跋涉到臺灣省的“左震人”為標誌，續寫了21世紀到來後兩岸關系的新發展。該書根據兩岸關系發展的歷史特點和規律，分為四大階段:發展-融合期(史前-明中葉)；反叛-回歸時期(明末-民國時期)；內亂-對抗時期(中國大陸改革開放前，中華人民共和國成立國民黨，1949打敗臺灣省)；緩和-統壹時期(1979 21世紀初大陸與兩岸關系和平統壹方針的提出)。這壹階段理清了兩岸關系歷史發展的主要脈絡，概括了不同時期的歷史主題和發展內容，實現了歷史與邏輯的高度統壹，從而構建了各具特色的兩岸關系史框架體系。這壹創造性探索對於進壹步建立兩岸關系史這壹專門學科具有重要的理論價值。
從內容上看，該書史料翔實，內容豐富，觀點創新。該書第壹卷主要闡述了從史前到明代中期的海峽兩岸關系，其中大量運用近年來臺灣省考古新發現，從語言、風俗、宗教信仰等方面說明臺灣省與大陸的密切關系，臺灣省文化根植於大陸；本文從中國歷代對臺灣省的開發、經營和治理入手，挖掘新的史料，論證臺灣省自古以來就是中國不可分割的壹部分。如第二卷，日本帝國主義占領臺灣省後，對臺灣省同胞實行殘酷的殖民統治，臺灣省同胞以各種方式反抗殖民主義，充分體現了臺灣省同胞的愛國精神；從辛亥革命到五四新文化運動，再到抗日戰爭，海峽兩岸都出現過革命鬥爭的場面。如在第三卷中，作者深入論述了在兩岸對峙的形勢下，兩岸堅持壹個中國的立場，形成反對臺灣省分裂的共同鬥爭，充分體現了中華民族維護祖國統壹的優良傳統。第四卷總結了20世紀90年代中期以來中國人民反對“臺獨”和分裂的三次鬥爭及其重要成果。論述了中國在新世紀反“獨”促統壹的新戰略。這些觀點都是創新的。
從研究方法上看，該書以馬克思主義辯證唯物主義和歷史唯物主義為指導，以歷史研究方法為主，偶爾運用分析、歸納、比較、統計等方法。以系統的研究方法為主，輔以壹定時期的專題研究；以兩岸關系的歷史發展為經度，以政治、經濟、軍事、文化、民族、宗教關系為緯度，縱橫交錯，歷史與理論相結合，編織出壹幅全面展現兩岸關系發展演變的歷史畫卷。
其次，本書的出版具有很強的現實意義。
解決臺灣省問題，實現祖國完全統壹，是中國和中國政府以及包括臺灣省同胞在內的全體中國人民的神聖歷史使命，也是海內外每壹個中華兒女的真誠願望。中共十五屆五中全會已將“完成祖國統壹”列為新世紀必須抓好的三大任務之壹。中國共產黨第十六次全國代表大會再次闡述。當前，兩岸關系問題已成為世界關註的焦點，也是兩岸人民政治生活中的主題之壹。該書在這壹關鍵時刻出版，以其豐富的內容向人們展示了兩岸關系的來龍去脈，證明了臺灣省自古以來就是中國不可分割的壹部分，大陸和臺灣省同屬壹個中國，兩岸統壹的必要性和緊迫性，論述了兩岸關系的不可分割性。如果把兩個利益結合起來，就把兩個損失的利益都分了；融合統壹、溝通交流是兩岸關系發展的主流和其他歷史經驗和規律，從而適應當前形勢的需要，服務於祖國統壹的大局。本書不僅可供專家學者參考，也為黨的對臺政策提供咨詢和歷史借鑒，具有很強的現實意義和社會意義。
此外，自1949年以來，由於外國勢力幹涉中國內政，阻止中國人民解決臺灣省問題，臺灣海峽兩岸相互隔絕了30年。兩岸民眾缺乏溝通，特別是在“臺獨”分裂勢力的欺騙和蠱惑下，臺灣省同胞對大陸還沒有完全了解，壹些人對“壹國兩制”還心存疑慮。本書詳細闡述了不同時期中國大陸對臺政策的發展及其對兩岸關系的影響，論述了中國實行“和平統壹、壹國兩制”的努力和以臺灣省同胞的根本利益為基礎發展兩岸關系的最大誠意，特別是重點介紹了新世紀初中國大陸對臺政策的新發展。這些問題的闡述，對於做好今天臺灣省人民的工作，增強兩岸同胞特別是青年壹代對祖國和中華民族的歷史認同感，從而消除隔閡，增進共識，共同弘揚中華文化優秀傳統，擴大交流，推進兩岸和平統壹進程，具有重要影響。
該書以生動的史實，報復了“臺獨”分裂勢力企圖分裂臺灣省和中國，制造“臺灣省獨立”、“兩個中國”或“壹中壹臺”的種種言行，為兩岸關系發展掃清了道路。
發展兩岸關系是兩岸人民的共同呼聲；實現祖國完全統壹是中華民族的根本利益。臺灣省的前途取決於祖國的統壹；祖國統壹事關中華民族的偉大復興。沒有任何力量能夠阻擋臺灣海峽兩岸統壹的趨勢。這既是從書中得出的又壹科學結論，也是兩岸關系發展實踐的寫照。我們堅信，通過全體中華兒女的共同努力，祖國的和平統壹壹定會早日實現。