洪武三十壹年(公元1398年)，明太祖朱元璋病逝，朱允炆正式即位，改國號為文健。從題目中不難看出，壹個文健皇帝和壹個洪武皇帝性格迥異，而朱元璋之所以不願意立壹個皇帝的孫子，其中壹個重要原因就是朱允炆和他的父親壹樣，太軟弱，太善良，受儒家思想影響太嚴重，恐怕以後也管不了他的大臣們。
朱允炆即位後，重用黃子澄、齊泰、方孝孺等文人，反叛明太祖的做法，推行了壹系列新政。首先是講究德存刑，立誌以文化治國，崇尚倫理道德。因此，懲罰部門的囚犯人數比往年減少了三分之二。同時選派二十四名朝臣為記者，巡行天下，體察風俗，興辦利民之事。其次，都是免稅的。歷年減免租金與世界地租。鑒於江浙重稅，文健皇帝特詔“江浙重稅，宜學宜減，不應有畝產之爭。”制約佛道勢力大多占據良田的局面。在朝廷中，文健對宦官的懲戒非常嚴格，同時，他還向地方官員發布詔書。壹旦發現宦官有暴力傾向，就把他們抓起來，送到京城嚴懲。這也引起了非法宦官的不滿，他們或投靠燕王朱迪，或在日後的荊南之戰中充當內仆。
文健還對官員進行了改革，重新定義了官員制度，大大精簡了機構，消除了多余的工作人員。在文健統治的四年中，廢除了九個州、三十九個縣和大量多余的官員和稅務機構，增加了中央政府的收入，減輕了人民的負擔。
可以說，文健采取的壹系列措施充分體現了他以仁、禮、樂治國的思想，改革了洪武時期的諸多弊端，為社會帶來了壹股清風。它為民眾和官方創造了寬松的環境，緩和了社會矛盾，對社會穩定起到了積極的作用。有壹段時間政府和諧，所以後人有“四年寬政嚴霜”的美譽。
當文健推行新政的時候，明朝陷入了困境。原因是文健登基後，由於各地藩王(即其叔侄)“全副武裝，無法無天”的局面，擔心會導致西漢七國之亂，於是采納了兵部尚書齊泰和太常卿大臣黃子澄的建議，決定割據天下。但是朱允炆在重大問題的決策上犯了嚴重的錯誤。他沒有先斬最強大的太子朱迪，而是從其他俘虜入手，先後廢了周王朱肅、齊王朱復等五個王為庶人，使俘虜們岌岌可危，驚恐萬分，使得太子加緊準備。當朱允炆決定給朱迪做手術時，已經太晚了。
燕王朱迪是朱元璋的第四個兒子。洪武十三年，朱迪成為北平(今屬京)的諸侯，隨著朱迪在對蒙戰爭中的不斷壯大，他已成為皇權的最大威脅。1399年7月，朱迪在做好充分準備後，以“殺黃帝、清君側”為名，打著“恢復祖先舊制度”的旗號，南下爭奪皇位。史稱“靖南之戰”。
文健皇帝部署軍隊鎮壓叛亂。初戰，皇軍占據絕對優勢，但由於李景隆將軍指揮不當，明軍屢戰屢敗。雖然燕軍咄咄逼人，並已占領了城市，但它失去了旋轉。所以經過三年的戰鬥，燕軍只以北平、保定、永平為據點，戰事僵持不下。這壹時期，明軍湧現出壹批傑出的將領，他們的頑強抵抗對朱迪構成了極大的威脅。此時，壹些受到文健懲罰的非法宦官向朱迪透露了首都空虛的信息，並表示願意擔任燕軍的內勤。朱迪正確地分析了形勢。只要文健皇帝在位壹天，地方部隊就會反抗壹天，他們自己也會反抗國王。但如果南京被攻占，成為壹國之君，我相信反對的人不多，因為大家都在觀望。於是朱迪改變了以往攻城奪地的策略，率軍來到南京。
文健第四年(公元1402年)六月，嚴俊渡過長江，兵臨城下。這時，文健朝廷已經亂作壹團，許多地方將領按兵不動。齊泰、黃子澄以招兵為由，離京前往廣德、蘇州。左都督徐增壽作為內線與朱迪密謀私通，被朱允炆發現，親手將他砍死。鎮守金川門的谷王朱燧和大將李景龍私自打開城門，讓燕軍入城。朱允炆聞報含淚說:“我從未虧待過朱穗、李景隆等人，他們卻在關鍵時刻背叛了我。”忠於文健的禦史顧問連贏假意向朱迪投降，但在接近馬行刺時沒有被朱迪殺死。聽了這話，朱允炆嘆了口氣，“我太忠誠是我的錯，但我不重視它。後悔也來不及了。我還不如為國捐軀。”說完拔刀就要自殺，被死命抵抗，朱允炆無奈，又見報警叠起，下令放火燒了皇宮，朱迪殺入宮中，搜尋了三天，始終沒有找到朱允炆。在詢問了管家之後，他們不知道朱允炆是生是死，只知道他下令縱火然後消失了。馬皇後和他的大部分妃嬪被燒死。侍從們害怕朱迪不相信，所以他們發現了壹個殘骸，並說這是他的皇帝的骨頭。朱迪命令人們將殘骸從灰燼中分離出來。他已經渾身焦糊，四肢殘缺，分不清男女。他不得不安排壹個儀式來埋葬他。
這時，朱迪的靖南之戰宣告勝利，他自己也以永樂皇帝的頭銜登上了王位。正如朱迪所料，當地幾乎沒有反對意見。然而，在朝廷裏，情況就不同了。只有24名公務員投降，而數以千計的其他人逃離或自殺。永樂朝廷幾乎沒有可用之人，可見他在文人心目中的地位相當高。
文健皇帝的皇帝之旅在四年後結束。作為壹個皇帝，他太仁慈，有時優柔寡斷。如果讓他做了臣子，我相信他可以愛民如子，兩袖清風，但和做皇帝不壹樣，皇帝註定是和血緣分不開的，他要排斥異己。他想建立皇權，如果他做不到這壹點，皇帝最終會被歷史淘汰，而文健就是這樣壹個悲劇人物。
關於文健皇帝的生與死有壹種說法。皇帝下令縱火後，他和幾個隨從逃出地道，乘船來到雲南，剪去頭發，換上僧服，自稱文，浪跡天涯。聽到這個消息後，朱迪壹直懷疑文健皇帝還活著，可能在海外生存，這將成為壹個後患。他命令宦官鄭和率領龐大艦隊下西洋壹探究竟，同時宣揚國威，與各國交流。結果，還是找不到他。
朱允炆在歷史上被稱為文健皇帝，在南明弘治年間被尊為惠宗的讓皇帝。清朝乾隆年間，他被追封為恭民會皇帝，因此文健皇帝在歷史上也被稱為明惠帝。