是我國歷史上第壹個國家衛生防疫和血清疫苗研究生產的專門機構。此後的30年間，幾經遷徙和艱辛，北京所先後研制生產了中國最早的牛痘、霍亂、傷寒、狂犬疫苗、白喉抗毒素等15種產品。分離出我國第壹株青黴素菌株，實現了我國生物制品零的突破，延續和發展了我國生物制品工業，培養和造就了專業人才，為我國生物制品工業的發展奠定了基礎。
新中國成立後，北京學院與共和國共同發展繁榮。科技成果捷報頻傳，資產規模不斷擴大，品種效益不斷攀升。唐等人在世界上首次分離出沙眼衣原體，獲得國際沙眼組織頒發的金質獎章。他是世界上第壹個發現重要病原體的中國人，也是迄今為止唯壹獲此殊榮的中國人。趙楷成功地用雞胚細胞培養代替動物接種制備牛痘，為控制天花乃至消滅天花做出了突出貢獻。凍幹技術、病毒疫苗的細胞培養技術、血漿采集技術和生物制品驗證的生化技術，以及血源性乙肝疫苗、風疹疫苗、乙型腦炎滅活疫苗等疫苗在北京首次誕生。同時，北京所與國際衛生組織和各國相關研究機構的聯系與合作日益加強，北京所的英文簡稱為“國家疫苗與血清研究所”，在國際上享有很高的聲譽。50年來，北京所與兄弟生物制品所，以及全國衛生防疫系統的同仁們壹起，為預防和消滅疾病，保護人民生命健康做出了巨大貢獻。
從1998開始，北京院進入新的發展階段，誕生了中國生物制品行業第壹家股份上市公司——北京天壇生物制品股份有限公司(天壇生物)。北京院重組優質資產，募集資金成立天壇生物。6月1998，上海證監局股票上市發行，北京所持股75%，經過多次增發後變更為56.27%。天壇生物上市十余年來，堅持傳承、創新、發展，在新體制、新運營模式下穩步發展，取得了驕人的成績。北京努力適應新形勢，逐步把工作重心轉移到以科研為主的軌道上來。這期間，北京在堅定的探索中前進，在變革的陣痛中努力。科學研究被提升到了前所未有的地位和高度。加大科研投入，改善科研條件，使科研管理機制逐步與市場經濟接軌，科研人才的培養和引進，科研項目的進展成為全院的重中之重。近十年來，VERO乙型腦炎滅活疫苗、麻風病疫苗和麻疹疫苗研制成功，為天壇生物註入了新的發展活力。
截至2008年底，北京所共獲得國內外各類獎項100余項，其中國際金獎1項，國家科技進步壹等獎2項，其他國家科技進步獎16項，部級科技進步獎36項，湧現出壹批在國內外有影響力的科學家和科技工作者。
從1983開始，北京所開始招收基礎醫學方向的碩士研究生，包括免疫學和病原生物學。20年來，培養了近200名研究生，成為行業內的技術骨幹。
中華微生物學與免疫學雜誌是由中華醫學會主辦、北京學會支持的國家壹級雜誌，多次獲得國家優秀期刊獎。
為更好地應對國際生物技術的快速發展和挑戰，促進我國生物產業的蓬勃發展，在國家發改委和北京市的支持下，在集團公司的直接參與下，北京市抓住機遇，與天壇生物、國家疾控中心病毒所共同組建了新型疫苗國家工程研究中心(疫苗中心)。疫苗中心的基地建設於2009年底在亦莊開發區封頂，壹期投資2億多元。將建設符合國際標準的綜合科研樓，包括5條中試生產線、綜合實驗室及相關配套設施，總建築面積2萬多平方米，主要從事具有自主知識產權的新型疫苗研發。重點建立基因重組技術、大規模哺乳動物細胞培養技術、聯合疫苗、聯合疫苗技術、DNA和多肽合成技術、人源化單克隆抗體技術等生物制品研發的關鍵技術平臺。，預計2010年底交貨。
目前，北藥所和疫苗中心在研項目近30個，擁有包括中國工程院趙楷院士在內的高素質人才隊伍。其中復旦大學院士和文院士已成功完成壹期和二期臨床研究，正在進行三期臨床研究。在科技部支持下，疫苗中心牽頭的EV71疫苗研究等國家重點研發項目也取得了階段性進展。北京所、疫苗中心獨立或與其他單位聯合申報的25個國家支持項目中標，累計獲得資金支持近億元。如今的北京所和疫苗中心正在逐步形成自主研發與合作研發相結合、中長期課題相結合的多學科、多項目研發體系。壹個更加科學、現代化、產業化的生物技術平臺正在形成，技術先進、鬥誌旺盛的科研力量蓄勢待發！