土地出讓收入難修水。
投入不足是農田水利建設落後的主要原因。因此，2013年中央“1號文件”首次提出從土地出讓收入中提取10%用於農田水利建設。土地出讓收入是指政府出讓國有土地使用權取得的土地出讓收入，扣除當年從地方國庫實際支付的征地拆遷補償支出、土地開發支出等相關成本支出項目後的收入。
這個指標含金量極高。2010年，全國土地出讓金總額高達2.9萬億元，其中收入約8000億元。按照10%的比例，新增農田水利建設資金將達到800億元，超過2010年中央和地方財政資金的總和。
因為土地出讓收益大部分掌握在縣級政府手裏，中央和省級政府對縣級政府是否能全額提取並沒有太大的有效控制。前幾年中央“1號文件”也提出過類似的15%的提法，但實際執行情況並不理想。
土地出讓收入已成為地方政府最重要的預算外收入來源，有的地方占到70%，成為地方政府的“第二財政”。但由於沒有納入預算管理，使用不規範，甚至全國土地出讓的具體數字都和國土部門、財政部門不壹樣。
熟悉情況的人認為，壹些地方會增加土地出讓金成本，從而減少實際收入。
為此，有學者提出將土地出讓收入改為土地出讓金，按土地出讓總收入提取壹定比例。浙江省提出，土地出讓收入的2%用於農田水利建設。據悉，2%-3%的比例獲得了更多的認可。
由於各級政府負債累累，土地出讓金在維持政府運轉中的作用日益凸顯，各級政府花在農田水利上的真金白銀越來越少，不被壹些學者和官員看好。水利部門的壹名官員估計，最多可落實500億元。
另壹個棘手的問題是土地出讓收入的地區不平衡。約75%的土地出讓收入集中在東部，但東部很多地區農田水利建設任務並不重。中西部地區，尤其是農業大縣，農田水利建設欠賬多，建設任務重，而土地出讓收入往往很少。
為此，有關部門提出了跨地區統籌使用的建議，但這遭到了壹些發達省份的反對。上述專家認為，東部地區土地出讓收入較高，但要做的事情多，建設規格比西部高，建設資金需求不小。
水利部農村水利司副司長倪告訴《財經》，財政部和水利部正在積極研究具體的實施政策。水利部建議，中央和省級政府統籌部分土地出讓收入，支持糧食主產區和中西部地區改善農業生產條件。
中國科學院-清華大學國情研究中心副主任王亞華建議，在加強跨區域轉移支付的同時，制定相應政策，允許東部地區土地出讓收益用於非農田水利建設項目。
財政部、水利部已下發關於農田水利建設基金提取清算具體辦法的文件——關於從土地出讓收入中提取農田水利建設基金有關事項的通知，要求各地足額提取並定向使用，將土地出讓收入的10%用於農田水利建設。
文件規定，農田水利建設資金專項用於農田水利設施建設，重點向糧食主產區傾斜。具體使用範圍包括:小型農田水利設施、田間工程以及灌區末級渠系的新建、修繕、續建、配套和改造；丘陵地區小水坑、小水池、小池塘、小泵站、小水渠等“五小水利工程”建設；發展節水灌溉，推廣渠道防滲、管道輸水、噴灌、滴灌等技術；牧區農田水利建設。同時，也可用於上述農田水利設施的日常維護支出，但不得用於人員經費、公用經費等經常性支出。
中央統籌的方案還沒有最終確定，但提取比例很可能在30%左右，約900億元。
地方政府支持差異
中央“1號文件”下發後，壹些縣市水利局和發改委開始忙碌起來，加緊規劃和上報項目。據了解，壹些原本要上馬的項目已經加速上馬，其他因資金困難而無法上馬的項目也有望中標。
“有了項目，就有錢了。沒有項目，是不可能拿到錢讓妳統籌使用的。”山東水利廳壹位官員告訴《財經》記者。由於所有的水利資金都是以項目的形式分配的，因此壹些地方政府申報項目並獲得國家相關部委的支持成為了壹項緊迫的任務。
然而，隨著中央水利投資的大幅增長，地方政府的配套缺口和壓力也越來越大。
《財經》記者在多省采訪了解到，縣市預算內資金往往用於項目前期規劃，中央投資多少、地方支持多少的“釣魚政策”演變為地方的“反釣魚政策”，即中央投資到位後，地方政府承諾的配套資金不到位。
2010的統計數據也證明了這壹點。全年農田水利基本建設投資113915億元，其中市級政府和縣級政府投資僅97.86億元和15275億元，剛剛超過20%。
中國社會科學院農村發展研究所課題組認為，水利資金投資結構的變化可以分為三個階段。第壹階段，重點水利工程投資全部由中央政府承擔；65438-0997-2003年，在中央財政資金引導下，地方政府逐步增加項目配套設施，通過組織動員，擴大自籌資金比例；2004年以後，在中央財政資金的帶動下，地方財政支持和自籌資金逐漸成為項目的主要投資方。
“十壹五”期間，中央財政水利建設投資2934億元，地方水利建設投資4000多億元。不過，業內分析人士指出，地方水利建設投資的增長主要受益於省級政府。在這4000多億元中，省級投資2947億元，占比超過70%，擁有大量土地出讓收入的區縣政府僅占20%。
水利建設的投資渠道很多，如預算內固定資產投資、財政專項資金、水利建設基金、金融機構貸款、外資和其他社會資金等。由於農田水利工程公益性強，社會資金往往不願進入，政府財政資金仍是主要投資來源。
《財經》記者在多地調查發現，無論是東部還是中西部地區的縣市官員，都認為中央政府應該加大投入，減少地方設施。壹些中央部委官員認為，預算外土地出讓收入更多，應加大農田水利投入。
與投資渠道同樣重要的是農田水利建設資金的整合機制。
2009年全國人大的壹份專題調研報告指出，農田水利建設直接投資項目有9個，涉及七八個國家部門，操作環節較多。其中，國家發改委、水利部負責支持大型灌區續建配套、節水改造、排灌泵站改造等項目；財政部、水利部負責小型農田水利建設補助專項資金；國家農業綜合開發辦公室負責農業綜合開發中低產田改造項目；國土資源部和財政部負責土地開發整理項目；國家發改委和農業部負責大型商品糧基地和優質糧食產業項目。
由於涉及部門多，資金整合難度大，勢必影響資金使用效率，項目監管和評估難度大。
中國社科院農村發展研究所的研究報告建議，加強省級資金整合，省級財政積極協調、歸並、安排同級農田水利建設相關資金；縣級政府在農田水利建設總體規劃指導下，使用農業綜合開發、土地整理、灌區續建、節水改造等資金。
很難建立新的管理和保護機制
政府組織的專門管理機構難以運作，末端渠系管理的非政府組織——農民用水協會實際上難以運作，往往難以發揮作用。
在實際操作中，農民用水協會的經費很難得到保障，單純通過收取水費來疏通和維護工程也很難解決根本問題，導致農民對協會失去信心，甚至協會難以運轉。
中國社會科學院農村發展研究所的研究報告指出，農村水利設施管理主體缺失、能力不足是突出問題。今後，政府應通過產權、補貼、補償等方式大力扶持水合作組織，從根本上解決管理和保護問題。