過去，賓根峽谷的巖石障礙將水路分為兩段:上遊的貨物大部分通過海路運往科隆，而下遊的貨物——首先通過阿爾卑斯山的山口運輸——大部分從巴塞爾運往美因茨和美因河畔的法蘭克福。萊茵河現代航運的興起始於19世紀，其目前的規模主要歸功於四個因素:取消對航運的政治限制、疏浚航道、萊茵河腹地的河網以及沿岸國家的不斷工業化。19世紀以前，河流運送更昂貴、更小的貨物；但從19世紀下半葉開始，這條河的貨運量大大增加。從1840開始，運輸方式就是用拖船拖很多駁船。
1815維也納會議就萊茵河自由航行和取消收費達成原則協議，1831年《美因茨公約》付諸實施，萊茵河中央委員會成立。第壹個條約在1868年被簡化修訂為《曼海姆公約》，將所有特權擴大到所有國家的船舶，不限於沿岸國，至今仍普遍有效。
歷史上，萊茵河有兩個對航運有嚴重阻礙的河段:賓根和河流上遊南部的巖石屏障。1830 ~ 1832炸毀賓根兩條航道；1817 ~ 1874，上遊進行渠化，河道被禁錮在人工河床內，進行拉直。但上遊航運仍受季節性流量變化和急流影響。
在巴塞爾以下，萊茵河-龍運河的胡寧格支流(1810 ~ 1833)通向米盧斯，在那裏與運河主流匯合，然後運河在斯特拉斯堡與萊茵河匯合。萊茵河-龍運河可通航300噸級船舶，但貨運量不是很大。更重要的是，雖然不是更大，但萊茵河-馬恩運河(1838 ~ 1853)也在斯特拉斯堡匯入萊茵河。為了改善航運和生產水電，法國有權將萊茵河分流到巴塞爾下的壹條運河——後來命名為亞爾薩斯大運河，然後這條運河在斯特拉斯堡匯入萊茵河。1932年，在Kembs修建了大壩，完成了大運河的第壹階段(計劃由1，500噸的船只通過)，大大改善了航運。第二次世界大戰後，恢復建設；然而，根據1956的條約，西德同意開鑿莫澤河運河，而法國則同意修建通往新布雷薩奇的大運河作為回報。
1945之後，運輸方式有了發展。最開始用的是自航駁船，後來用的是頂推船，這樣壹艘頂推船就可以推動壹個由多艘駁船組成的單元。萊茵河(尤其是中段和鹿特丹與巴塞爾之間的河段)在夏季也有定期客運，但這種業務多為遊客設計。
遠至斯圖加特的內卡河和遠至班貝格的美因河都已開鑿運河。已建成的美因-多瑙河運河的北部從班貝格向南流到紐倫堡，紐倫堡現在已經成為壹個非常重要的港口。1956年，西德、法國和盧森堡簽署了壹項條約，從科布倫茨到硫翁維爾開鑿274公裏(170英裏)的莫澤河運河。本項目完成於1964。瀾滄江68公裏(42英裏)的河段已經開渠，適合200噸級的船只通行。
在魯爾區內，魯爾河本身(除了11 km (7英裏)長的最後壹段)和利佩河目前不作為航運水道使用。萊茵河-赫恩運河和不太重要的韋爾瑟爾-達特恩-哈姆運河(1930)現在已經取代了它們的位置。萊茵河-赫恩運河1916完成了杜伊斯堡和赫恩之間的壹段。它通過多特蒙德-Ems運河將萊茵河與德國北海海岸相連，並通過中央運河將萊茵河與德國中部、東部和東部的航運水路相連。ver seur-dat tern-ham運河與利珀河下遊平行。萊茵河-赫恩運河的適航能量為65，438+0，350噸，成為二戰後建造運河和駁船的最低能量標準。阿姆斯特丹以南的梅爾維德運河(擴建於1952)靠近萊茵河河口，為排水量高達4300噸的船只提供了另壹條航道。