到了唐代，藥物的數量已經增加到1000多種，藥物的知識基本可以滿足壹般臨床應用的需要。國家曾經組織力量進行過毒源排查。在此基礎上，由政府於鹹清年間(656-660年)編纂修訂的《新編本草》又稱《唐本草》，是世界上第壹部具有藥典性質的藥學專著。在現有本草的基礎上，篩選出114種民間新藥，使藥品數量達到850種。這部藥學專著以其對藥物基礎的更多考證和豐富的臨床用藥經驗，贏得了中外醫學工作者的尊重。70多年後，陳藏啟收集了692種《唐本草》中沒有收錄的藥物，編成《本草補》。綜合起來，唐代開發利用的中藥資源已達1500余種。
宋代印刷技術的發展為醫學資料的整理和傳播提供了良好的條件。北宋時期，國家再次進行大規模的藥物資源調查，成立了醫學編纂出版機構——校正醫書局，還成立了國營藥廠(惠民藥局)，生產中成藥。近百年來，本草經三次修訂，進行了大量的整理和總結，並輔以文獻和用藥經驗，形成了歷史上本草修訂的高潮。官方代表作品有《開寶本草》、《加友本草》、《本草圖鑒》。宋代唐慎微收集了《開寶本草》、《甲酉本草》中遺留下來的554種藥物，並增補了8種藥物，編纂了《經史本草》以備不時之需，簡稱《證本草》。迄今為止，我國古代開發利用的藥物資源已達1748種，極大地豐富了中醫藥寶庫。
金元時期，在穩定和鞏固品種的基礎上，中藥資源的開發利用側重於提煉功效和誘導藥理。其主要貢獻是將醫學理論與具體藥物緊密結合，形成了多層次的中醫理論體系，對後世產生了深遠的影響。
明代是中國古代歷史上中藥資源和本草理論開發利用的鼎盛時期，尤其是明代中期。隨著生產水平的提高和國內外市場的開拓，商品經濟大發展，醫學領域出現了許多名著。《本草綱目》載有1815種藥物，增補了46種，尤其是文字簡明扼要。彩色物理繪畫聞名於世。《滇南本草》載有448種藥材，是記載高原地區藥物(包括民族藥物)的珍貴著作。舉世聞名的《本草綱目》收錄了1892種藥物，將古代中藥資源的開發利用推向了高峰，以深刻的內涵總結了明代以前中藥資源開發利用的經驗，提高了本草的編纂技巧和水平，為後世中藥的發展打開了新局面。
到了清代，商品經濟進壹步發展，不僅中藥店、商店眾多，還形成了壹批全國性的藥材集散地市場。中藥材產量、運銷大幅增加，中藥材資源開發利用範圍進壹步擴大和提高。記載和保存的本草近400種，其中學術價值較高的著作有《本草綱目》和《植物名實考證》。前者包含716種《本草綱目》未收錄的藥物；後者包含1714種植物。雖然名為植物名稱考證，但其實是壹本很有價值的藥物專著。與此同時，我國民族醫藥的開發利用也得到了很大發展。如著名藏醫藥家迪馬爾·丹津·彭措編撰的《朱靜本草》，載有2294種具有濃郁藏醫藥特色的藥物，是我國藏醫藥史上的經典之作。