協會總部設在北京，下設組織、宣傳、研究、交流、發展、救助收容、醫療等部門和辦公室。十多年來，協會在組織、宣傳、救助動物方面做了大量工作。
宣傳工作弘揚文明，弘揚人道主義精神，保障動物生存和不被虐待的權利。這是中國小動物保護協會宣傳工作的主題曲。由於狗這種小動物模型的不幸處境，協會的宣傳往往受到限制。盡管如此，該協會仍然通過各種方式為文明的亮光進入包括狗在內的悲慘的動物世界而奮鬥。
1993，協會成立不久就去北京市政府，多次向當時負責“禁狗”的單位和領導表示，“禁狗”政策違背了科學文明的野蠻和殘暴，反映了珍愛生命、崇尚精神文明的人們對殺狗行為的厭惡。從65438到0995，在《北京市限制生育條例草案》討論期間，協會召開各類座談會多達7次。2，000多人在提交給市政府的請願書上簽了名。大家在支持養犬管理原則的同時，對濫收養犬費、禁養品種、規定遛狗時間、沒收無證犬等壹系列問題提出了多方面的意見和建議。1996 11月，在《限養條例》實施壹周年之際，協會應市級執法部門相關領導邀請，舉辦了社會各界人士座談會，就科學管理、養犬收費等問題進行交流。4年後的2000年6月，11，協會根據黨的“實踐是檢驗真理的唯壹標準”的思想路線，再次邀請社會各界名人和養狗人士，對北京市已經實施5年的“限犬條例”進行了實事求是的總結。與會人員在肯定限養限管的進步意義和成效的同時，反復強調養犬費用高、犬種多、遛狗時間長、無證犬野蠻抓捕等問題，並提出了意見和建議。幾家新聞媒體也對此進行了回應。
為消除人們對狂犬病的恐懼心理，協會於2月召開狂犬病國際研討會，1996，邀請國內外專家做專題報告。各區防疫站都派人參加了，效果很好。同年，為了解北京市民對養狗的態度，協會與人民大學社會學系合作，對海澱、朝陽、崇文區的300名養狗者和300名非養狗者進行了抽樣問卷調查。結果顯示，城區86%的養狗人是工薪階層，人均月收入大多在800元以下。只有少數居民對狗極其反感，堅決反對養狗。以海澱為例，120只有6人，占比5%；朝陽區更少，150人中只有2人，占1.3%；特別令人鼓舞的是，所有被調查的青少年都喜歡狗。由此可見，中國的動物保護大有可為。中國小動物保護協會的這次養狗調查研究，在中國歷史上還是第壹次。
當動物們渾身是血，驚恐地睜大眼睛，在屠刀前顫抖，在殘酷的懲罰中掙紮的時候，中國小動物保護協會將國際公認的10“世界動物日”第壹次引入中國人的社會生活。1996 10年10月4日，首屆世界動物日紀念周在農業大學操場成功舉辦。男女老少聽到這個消息都來了。慶祝節日的動物，活潑友好的人們，前來慶祝的人們，都充滿了歡聲笑語，無限生機，天真無邪。孩子們爭先恐後地在各種關愛動物的標語上簽名，老人抱著他們的狗，眼裏噙著淚水。這是壹幅意大利神父弗朗西絲在西西裏創作的“天堂”圖景，也是當今文明曙光中展示的未來世界。
但是，紀念周的這種歡笑和美好，在小小的世界裏只是壹瞬間，只能是希望的象征。可悲的現實是，動物們仍在血泊中呻吟。中國是這樣，全世界也是這樣。1999年5月，關於小動物的生存狀況，協會與美國動物與環境保護協會齊聚北京，就共同關心和討論的問題親切交流經驗。
救助動物的實踐是體現協會宗旨的重要方式之壹。十幾年來，我們在艱苦的準備和苦難的情況下，救助了300多只狗和貓，以及鳥類、兔子和國家二級保護動物、獼猴等等。到目前為止，有400多個生命生活在我們的愛教基地。這種長期救助和收容遠遠超出負荷的動物，使協會更加困難和痛苦。然而，當被割掉舌頭的雲兒，被重重壹擊打得不省人事的黑子，滿身膿液的羅奇，雙目失明被遺棄在荒郊野外的丟丟，被主人遺棄在醫院的豆豆，癱瘓的歡歡，被壹輛摩托車碾過的小貓咪“莫”，同時踏入這個悲慘的世界，憤怒，憐憫，痛苦， 正義與生命交織成壹種“人”的巨大負罪感和責任感，日益成為督促我們不斷前行、義無反顧的動力。
我們的理想崇高而現實，我們的任務光榮而艱巨，我們的理智漫長而布滿荊棘。但我們堅信，在以科學、文明、民主、自由為主旋律的21世紀社會生活中，保護環境、人與自然、人與動物和諧相處的理念，尊重和珍愛生命的理念，必將成為人們的認識，成為推動我國動物保護事業發展的巨大力量。
我們的理想將會實現，我們的事業將會勝利。希望所有有愛心有良知的朋友與我們攜手共進，讓熱血動物和中華大地煥發出純潔和諧溫暖美好的光芒。
協會的組織也有了很大發展。在國際動物組織的幫助下，成立了愛心教育基地，壹個救助和收容小動物的基地，結束了多年來帶著動物到處亂跑的危險生活，為被虐待和遺棄的小動物提供了壹個庇護所。1999年，在南京佛教弟子的幫助下，在美麗的北京西山附近購買了壹個占地17座寺廟的院落，改善了動物的生存條件。1998，協會還歷盡艱辛，成立了小動物防疫保健治療中心。它解決了動物保健和醫療問題。這兩個實體為協會的進壹步發展創造了良好的條件。
出於對時代的敏感和倡導精神文明的責任感，我們的宣傳工作也得到了新聞媒體的支持。十多年來，中國青年報、工人日報、工商時報、人民日報海外版等全國性大報都有專題采訪。地方報紙除了北京的《北京日報》、《北京晚報》、《精品導購》、《經濟導報》、《北京青年》、《壹周便利》等，在其他地方也有專題報道，如《華西日報》、《上海論壇》、《羊城晚報》、《南寧晨報》、《沈陽晚報》。同時，中央電視臺的東方時空和北京電視臺的新聞部、專題部和東芝動物公園都向全國人民和北京反映了我們的工作和事跡。此外，基於有關動物生命的時代潮流，紐約時報、芝加哥論壇報、美聯社和美國CNN有線電視臺、英國空中電視臺、澳大利亞有線電視臺、加拿大電視網絡有限公司、德國電視臺、荷蘭《人民日報》等外國駐京媒體，均采訪了該協會珍愛生命、拯救動物的情況。媒體是幫助協會搭建愛心長城的重要力量。
包括上海和天津在內的十個城市已經開始競標當地的分支機構。