後來,隨著政府退守臺灣,大陸和臺灣省當局恢復了招商局的運作,招商局仍然是中國最大的航運公司,受到政府的高度重視。1972年,恰好是招商局成立100周年,陽明海運公司成立,專門從事國際海運業務。
招商局集團的創始人是清朝通商大臣李鴻章。鑒於晚清外戰戰敗,喪失航權,沿海和內河航權都被外國航運勢力所控制,國內船只根本無法與之抗衡。為了避免交通命脈被外人壟斷,他為了向慈禧太後表示敬意,提議成立航運公司進行招商,於是取名招商局集團。展出的奏折是當年李鴻章贈送的。從奏折中我們終於可以看出,慈禧太後的地位是高於皇帝的,這也見證了慈禧太後在中國近代史上掌權的歷史。皇位原本存在於大陸。陳列櫃中的黃金牌位屬於中國大陸招商局,最初是復制並贈送給陽明的。招商局的歷史可以分為幾個時期。來臺之初,由於身份特殊,雖然隸屬交通部,但實際上招商局的董事長和總經理都是經最高當局同意任命的。但陽明海運公司成立後,僅保留管理處,並於1995年配合立法院決議並入陽明海運公司。來自內地的招商局仍將運營總部設在香港,成為集金融、建築、運輸、造船、碼頭等為壹體的大型企業集團。
陽明海運1972成立時,資本為新臺幣1億元,到2012年,已增至2810億。
陽明海運成長的重要階段是1978開始經營集裝箱運輸,1991加入韓進美國東航線,1995加入KLINE、中遠美國西、歐洲航線。陽明,原為公營企業,1996年2月私有化。目前已成為集內陸運輸、碼頭裝卸、投資、國際物流於壹體的航運集團。
陽明海運作為國內領先的船公司,在1996通過了ISM代碼國際船舶安全管理和ISO 9002國際質量管理體系認證,隨後在2003年通過了ISO 9001國際質量管理體系修訂認證,甚至在2004年6月通過了ISO14001環境管理體系(認證範圍包括總公司、基高碼頭和所有集裝箱船隊)。2004年,陽明海運所有船隊完全符合國際船舶和港口設施保存規則(ISPS)的要求,獲得國際船舶保存證書。此外,陽明海運以人文精神為基礎,建立了完善的勞動安全健康管理體系。除2005年6月獲得OHSAS18001職業安全健康管理體系證書外,2008年又獲得TOSHMS臺灣省職業安全健康管理體系證書。同時,為保證陽明海運信息系統的運行安全,於2008年6月授予。2012年6月通過“經認證的經營者”認證,是中國船舶行業首家通過認證的公司。它不僅為全球客戶提供高質量和安全的運輸服務,而且是壹個可靠的商業夥伴。