後來，隨著政府退守臺灣，大陸和臺灣省當局恢復了招商局的運作，招商局仍然是中國最大的航運公司，受到政府的高度重視。1972年，恰好是招商局成立100周年，陽明海運公司成立，專門從事國際海運業務。
招商局集團的創始人是清朝通商大臣李鴻章。鑒於晚清外戰戰敗，喪失航權，沿海和內河航權都被外國航運勢力所控制，國內船只根本無法與之抗衡。為了避免交通命脈被外人壟斷，他為了向慈禧太後表示敬意，提議成立航運公司進行招商，於是取名招商局集團。展出的奏折是當年李鴻章贈送的。從奏折中我們終於可以看出，慈禧太後的地位是高於皇帝的，這也見證了慈禧太後在中國近代史上掌權的歷史。皇位原本存在於大陸。陳列櫃中的黃金牌位屬於中國大陸招商局，最初是復制並贈送給陽明的。招商局的歷史可以分為幾個時期。來臺之初，由於身份特殊，雖然隸屬交通部，但實際上招商局的董事長和總經理都是經最高當局同意任命的。但陽明海運公司成立後，僅保留管理處，並於1995年配合立法院決議並入陽明海運公司。來自內地的招商局仍將運營總部設在香港，成為集金融、建築、運輸、造船、碼頭等為壹體的大型企業集團。
陽明海運1972成立時，資本為新臺幣1億元，到2012年，已增至2810億。
陽明海運成長的重要階段是1978開始經營集裝箱運輸，1991加入韓進美國東航線，1995加入KLINE、中遠美國西、歐洲航線。陽明，原為公營企業，1996年2月私有化。目前已成為集內陸運輸、碼頭裝卸、投資、國際物流於壹體的航運集團。
陽明海運作為國內領先的船公司，在1996通過了ISM代碼國際船舶安全管理和ISO 9002國際質量管理體系認證，隨後在2003年通過了ISO 9001國際質量管理體系修訂認證，甚至在2004年6月通過了ISO14001環境管理體系(認證範圍包括總公司、基高碼頭和所有集裝箱船隊)。2004年，陽明海運所有船隊完全符合國際船舶和港口設施保存規則(ISPS)的要求，獲得國際船舶保存證書。此外，陽明海運以人文精神為基礎，建立了完善的勞動安全健康管理體系。除2005年6月獲得OHSAS18001職業安全健康管理體系證書外，2008年又獲得TOSHMS臺灣省職業安全健康管理體系證書。同時，為保證陽明海運信息系統的運行安全，於2008年6月授予。2012年6月通過“經認證的經營者”認證，是中國船舶行業首家通過認證的公司。它不僅為全球客戶提供高質量和安全的運輸服務，而且是壹個可靠的商業夥伴。