1937七七事變後，電機系隨學校南移，先建立長沙組建長沙臨時大學，後1938+0遷至昆明，1938年5月在昆明建立西南聯合大學。聯大電氣工程系在1939附了壹個專門的電信課程，歷時兩年，培養了抗戰時期急需的電信人才。大會電氣工程系培養了大量人才。新中國成立後，許多人成為中國科學院的成員、研究員、教授、部委負責人和廠礦企業的著名專家。許多海外校友取得了傑出的成就。例如，美國最早的電子管計算機是在賓夕法尼亞大學研制成功的，校友陳作出了重要貢獻。
抗戰勝利後，電機系於46年8月至10年6月隨學校返回清華校區。這所學校遭到日本侵略者的嚴重破壞。電機系的外觀還是老樣子，裏面什麽都沒有。整個系的首要任務是恢復系圖書館和實驗室。1946，清華大學恢復全國招生，電氣工程系招生人數最多，共100余人。
當時電氣工程系在工學院影響很大，很有名氣。曾有“土木系老了，電氣系難考”的說法。考上學校不容易，作業難，學生負擔也挺重的。在此期間，電氣工程系成立了電氣工程學院，並招收研究生。當時社會黑暗，物價飛漲，生活朝不保夕，生命安全得不到保障。教師和學生仍在與饑餓、內戰和迫害作鬥爭。清華大學朱自清先生等110教職員工發明了壹份嚴正聲明，斷然拒絕來自美國的“救濟”面粉，退回“配給證”。王顯沖、王遵化、曹、、黃昌、陳堂明、、童等人在莊嚴聲明上簽了字。
1948 12 15清華校區解放了。電機系師生踴躍參加慶祝解放、報名參加“南方工作組”、參加土改、學習宣傳抗美援朝、為中國人民誌願軍捐飛機、參軍、參加“三反五反”等活動和運動。在此期間，電氣工程系是全校所有系* * *成員最多的系，超過10。也有很多老師加入民團和九三學社。在* * * *的帶領下，壹批青年學生迅速成長。比如朱镕基在1951年3月到9月擔任學生會主席，在組織學生參加建國初期的各種政治運動中起到了很好的作用。1997朱镕基同誌的第壹選擇是國務院總理。根據19511952年全國理工學院院長會議提出的“在理工學院入學的新生中，今後應有二分之壹以上是專業學生”的精神，電氣工程系開設了發電與輸配電兩門專業課，總招生人數為120人，為國家培養了急需的人才。在此期間，電氣工程系的專業仍然分為電力組和電信組。
6月25日，1952，國務院公布國家技術學院調整方案。院系調整後，電氣工程系電信組在1952獨立成立無線電工程系。調整後的電氣工程系於9月1952正式成立。北京大學理工學院電氣工程系並入清華大學電氣工程系。設有電氣機械與電器(招生60人)、電廠配電網與配電系統(招生60人)、工業企業電氣化(招生60人)三個專業，電廠(招生60人)、輸配電(招生60人)兩個專科。全系招收新生300人左右。組建電機、發電與輸配電、工業企業電氣化、基礎電工、電工學五個教研組。
院系調整後，學校立即開始了以“學習蘇聯先進經驗”為重點的教學改革。三年後，到1955秋季，電氣工程系專業調整為電機與電器制造、發電與輸配電工程、高電壓工程、工業企業電氣化四個專業，完成了壹個五年制本科教學的所有主要環節。教研組數量也調整為8個，分別是電機、電器、發電、輸配電、高壓、工業企業、基礎電工、電工學。其中電器教研組成立於1955，高壓教研組成立於1956。以上專業設置和教研組制度基本延續到1966年文革爆發。在學習蘇聯經驗的過程中，從1953開始，蘇聯先後派出巴紮諾夫、斯捷潘諾夫、紮伊科夫、奧梅利堅科、索爾達金娜、日利興等6名專家到電氣工程系工作，在教學、實驗室建設、科研、指導研究生等方面給予無私幫助。這期間，電氣工程系也派了很多老師去蘇聯學習和研究。1956年秋，高景德先生從蘇聯以博士生身份回國，並擔任清華大學科研部主任。後來成為國內著名的電氣工程學術帶頭人。1980當選中國科學院院士(院士)，1985當選國際電氣與電子工程師學會(喬春明)特別會員，獲得學會百年獎。1996年獲香港柏寧頓教育基金會(中國)第二屆全球獎優秀獎，1997年。1983-1988任清華大學校長。
65438-0956，周恩來總理主持討論制定中國科技發展規劃，部署兩彈。電氣工程系、工程與無線電系等。為相關新專業的發展做出了積極的貢獻。他們先後成立了“自動化與遙控”和“運籌學”兩個教研組，承擔了計算機專業主要課程的教學任務，參與了中科院計算所的籌建工作，在錢學森先生的指導下開辦了“運籌學”專業，招收了兩個班的學生，開始了“自動化”的研究。這些專業和教研組在7月1958獨立成立了自動控制系。
65438年至0958年，學校貫徹“教育為無產階級政治服務，教育與生產勞動相結合”的教育方針。電氣系師生在十三陵水庫參加勞動，開展勤工儉學，自行設計制造交換計算表，修建電廠，參與建設土電廠，參與設計制造程控立式銑床，派隊到河南登封“支援地方工業化，帶技術下工廠，工農結合，轉變思想”。周恩來總理參觀了“新畢業生和紅色學院跨越展”，並贊揚了電氣工程系畢業生王博涵設計和制造的接地開關。1960“電力系統動態模擬實驗室”建成並投入運行。在1961，電氣系統開發了技術領先的雙水內冷發電機。1963，原高教部批準成立電氣科學研究所。在此期間，本科生的學制發生了變化。會話1958和1959為五年，會話1961和1962為五年半，會話1964至1966為六年。1958至1959為當時的工業部門舉辦了兩期幹部培訓班，學制兩年。受訓者是各大電廠、電力局和電機廠的領導幹部。在此期間，本科每年招生180 ~ 200人，此外還招收了壹批韓國、越南、老撾的留學生。從1953開始，電氣工程又開始招收研究生了，但是學位制度沒有建立起來。到1966年文革爆發時，這壹時期大約招收了150名研究生。1958，東西主樓完工，電機部從電機廳搬到西主樓。
1966年6月“文革”爆發，清華大學成為重點地區，教學科研嚴重受損。1968年7月27日，中央派工人和解放軍宣傳隊來接管。壹方面停止了戰鬥，穩定了局勢；另壹方面又完全接管了學校和系裏的領導權。1970年8月，原電機系工業企業電氣化教研組、工業企業專業、電子學教研組、熱工儀表自動化教研組、火電機械專業成立工業自動化系。電力系統及其自動化、電機制造、高電壓工程、基礎電工、電工學5個教研組，機械工程系鍋爐、燃氣輪機、熱能工程3個教研組，組建電力工程系。1970 6月27日，中央批準北大、清華招生報告。從1970到1976，電氣工程系招收917“工農兵”六期，每期約150人。它還招收了三名來自非洲國家的國際學生。招生專業為電力系統及其自動化、電機、高電壓工程。學生文化程度參差不齊，有的只有小學文化程度，給教學帶來很大困難。
1976 10十月，四人幫被粉碎，清華大學獲得新生。1978 11電力工程系分為電氣工程系和熱能工程系。原電氣工程系的5個教研組、3個專業恢復到電氣工程系。
全國高考恢復1977，電氣工程系招收電工教師壹班，2月入學1978。學制四年半。電氣工程系三個專業1978開始招生，每年招生約120人，其中電力系統兩個班約60人，電氣工程壹個班約30人，高電壓技術壹個班約30人。學制五年。同時，電工學教研組的老師在做好全校電工電子技術課程的基礎上，積極開展科學研究，組織生物醫學工程領域的新專業。65438-0982年，經當時的教育部批準，電氣工程系正式成立生物醫學工程與儀器專業，壹個班招收本科生30人左右。此後，電氣工程系的本科招生規模壹直保持在150以上。1978恢復研究生招生控制，電氣工程系當年招收研究生22人。
1981期末，電氣工程系電力系統及自動化、電機及控制、高電壓技術、理論電工四個二級學科點獲全國第壹個碩士學位點和第壹個博士學位點。從65438到0989，這四個博士點被評為國家重點學科，在國內同類學科中排名第壹。生物醫學工程與儀器儀表學科分別獲得1981和1986碩士學位和博士學位授予權。電氣工程系電力電子技術學科分別獲得1991和1996碩士學位和博士學位授予權。1995根據國務院學位委員會授權和按壹級學科學位綜合評價，電氣工程系電氣學科在學科建設、人才培養、科學研究和綜合水平等方面均居全國綜合評價首位。1996年6月，電氣工程系電氣學科被國務院學位委員會公布為壹級學科授權第壹批試點單位。65438-0997國家學科調整期間，電氣工程壹級學科更名為電氣工程學科，生物醫學工程與儀器學科更名為生物醫學工程學科，升格為壹級學科。目前，電氣工程系每年招收研究生100余人，其中博士生約占三分之壹。1997的研究生招生人數達到150以上，首次與本科生持平。1991年，國家教委首次表彰了695名在工作中做出突出貢獻的我國博士、碩士學位獲得者，其中電氣工程系7人。
隨著科學技術的快速發展，電子、計算機、信息技術等新興學科交叉滲透傳統的電氣學科，使得電氣學科有了更廣泛的共同基礎，專業界限變得模糊。另壹方面，社會主義市場經濟的發展也需要專業口徑更寬的高級電工。正因如此，從20世紀80年代初開始，電氣工程系壹直在進行不斷的專業轉型，並於1989將原電力系統自動化、高電壓技術、電機三個專業正式合並為壹個大口徑的“電氣工程及其自動化”專業，被國家教委認可並列入國家專業推薦目錄。
此外，為適應我國以經濟建設為中心的形勢，滿足生產、科研、教育第壹線廣大科技工作者更新知識的需要，電氣工程系積極開展大學後繼續教育。如受當時水利電力部委托，電氣工程系在1985連續舉辦了五期電力設計院院長、總工程師研討班，共有168人參加。從1988開始，電力系統調度員連續四期研討班，電力系統調度科科長1，共有130人參加。從1995開始，在全校率先舉辦研究生課程，每期壹年。部分同學畢業後考研，取得資格後直接進入工程碩士論文工作。此外，電氣工程系還與西門子合作舉辦了多次關於柔性交流輸電的高級研討會，並與中國電力企業聯合會合作舉辦了壹系列關於電力系統新技術的研討會等。，為經濟建設主戰場服務。
自20世紀80年代初以來，電機系的科學研究取得了很大進展。基於科研方向的科研作文是科研活動的細胞，對電氣工程系科研的快速發展起著重要作用。在此基礎上，80年代，電氣工程與熱能系開始建設“電力系統及發電設備控制與仿真”國家重點實驗室，並於6月1995建成，通過國家驗收。1999期間，電機系還與自動化系、核研所、微電子所成立了“電力電子工程研究中心”。
根據電氣工程系學科結構和發展需要，1988電氣工程系名稱變更為“電氣工程與應用電子技術系”。