《類經·四海之人》載:“輸、肥、於皆通。”所以，腧穴又叫失穴、俞穴，也叫穴、穴或經。根據中醫基礎理論，人體穴位主要有三個作用，既是經絡之氣註入體表的地方，也是疾病反映在體表的地方，是進行針灸、推拿、氣功等療法的地方。穴位有“快按”和“快驅邪”的神奇功效。然而，穴位的本質是什麽？真的是人體的特殊結構嗎？很長壹段時間，人們對此都有所猜測，莫衷壹是。
很多人從穴位的電特性來探究穴位的本質。1950年，日本中谷用12伏直流電通過人的皮膚，發現皮膚上有壹些導電性特別高的“好傳導點”，它們的位置與穴位的位置重合。此後不久，法國著名針灸師聶伯雅特在助手的協助下，通過測量皮膚電阻證實了這壹現象，並確定穴位電阻僅為其周圍皮膚電阻的壹半。對屍體的測量也得出了同樣的結果。50年代末，我國學者對穴位電生理的研究也基本肯定了穴位具有低電阻、高電位的特點。但據推測，全身穴位的總面積只占體表的萬分之四，但體表電阻的部位很多，遠不限於穴位。而且，吃飯、睡覺、運動等生理活動，時序、季節、溫度等外界環境的變化，細寸的精神狀態，都會影響皮膚電阻值。難怪上海高血壓研究所的研究人員感嘆，用這種方法確定穴位相當困難。法國人德拉福耶用這種方法測量穴位花了5年時間，結果與中國的穴位大相徑庭，不得不戛然而止。
有人把古代的穴位理論和現代醫學理論進行對比分析，試圖用新的理論和概念來解釋。例如，當電流刺激皮膚時，受刺激的肌肉會收縮。體表受最弱電流刺激而產生最大肌肉收縮的部位稱為運動點。美國學者林大晉提出，運動穴位的分布與傳統穴位幾乎相同。日本的兵頭正義和美國的弗羅斯特等人把穴位和觸發點做比較。觸發點被認為是身體肌肉組織中的壹個局部交叉點，具有深層組織敏感、結節和放射痛的特點。雖然其機制尚不明確，但壹般認為是由於疼痛或其他原因引起的肌肉痙攣、內分泌失調或肌肉緊張所致。針刺穴位時，由於組織間的相互摩擦和金屬針與組織電介質的相互作用，局部組織內的肌肉纖維和神經纖維會受到損傷。另外，兩者的分布也差不多。因此，他們認為穴位的某些特征與觸發點非常相似。有些人甚至認為它們只是同義詞。也有報道稱，穴位與差穴、皮膚活動點密切相關。這些多途徑的研究從側面反映了腧穴的特點，對於探索腧穴的奧秘無疑具有壹定的參考價值。
還有人著眼於穴位的形態結構，希望壹舉揭開穴位的奧秘。上海第壹醫學院的專家解剖觀察了屍體上的324個穴位，發現99.6%的穴位與神經有關。他們進壹步發現，經絡穴位和相關器官的神經分布往往屬於同壹脊髓段，表裏經絡穴位也屬於同壹脊髓段。日本學者森秀太郎證明，全身大約有100個穴位，深入神經束。穴位還與感覺神經節細胞外周突末端的感受器有關，如肌梭、神經腱梭、觸覺小體、環狀小體等。從遺傳學的角度來看，表皮和神經組織是同源的。神經中樞內有皮膚區域和內臟器官的投影點。因此，穴位與胚胎形態可能存在相關性。但也有研究得出了相反的結論:神經纖維在穴位和非穴位組織中都有分布，兩者在組織學上沒有明顯區別。至於穴位和非穴位下的神經組織有什麽區別，現在還不清楚。也有報道稱，穴位與血管、淋巴管關系密切。通過使用紅外熱成像，Kazuo Nishijo觀察到胸部和腹部穴位的皮膚溫度比周圍皮膚的溫度高0.5到1℃，他認為這是由於穴位下血管的存在。根據解剖資料，很多穴位確實覆蓋著皮下靜脈或深層血管。
穴位研究者認為，人體穴位是與神經系統、血管、淋巴管、肌肉等組織密切相關的復雜而全面的結構和功能。