於是，萬歷皇帝命工部尚書張守智、工部右侍郎朱耷、工部左侍郎趙進、李恪給劉樹德、江西路和楊稼祥的建議，以及工部官員等張遊覽天壽山。回國後，在張等人的建議下，萬歷皇帝決定把大玉山作為的陵墓所在地。
隆慶六年(1572)七月，工部大臣朱恒從工地回來，向萬歷描述了玄宮的情況。他說，世宗為瑞祖(供奉皇帝的殿名“宗瑞”)所建的玄宮，“紫光四射，門庭清凈，宛如“暖房”。萬歷皇帝聽了非常高興，立即命禮部同意引進。8月22日，孝義皇後李的靈柩葬於昭陵，9月19日，的靈柩也葬於昭陵。像這樣用別人建的玄宮來安葬皇後，在明朝還是首例。自隆慶六年(1572)六月十五日，萬歷皇帝下詔在大禹山建陵，開始了聲勢浩大的地面建設工程。工部尚書朱恒任山陵事務巡撫，左工部侍郎趙謹負責監督木石的修建，右工部侍郎熊如達、內宮太監周宣負責工程的修建。此外，錦衣衛左都督朱和錦衣衛秘書也在現場監督工作。工程進展非常迅速，僅僅壹年時間，昭陵工程就全部結束了。為此，萬歷皇帝特地給了工部尚書朱恒等人壹批銀幣，還準許侍候郎雄如達的兒子入國子監學習。
因為施工不細致，只用了壹年，陵園大樓就出現了地基沈降。萬歷二年(1574)七月，昭陵金谷宮監陶進說:“六月以來，下了兩天雨，這陵墓的卯門內外磚石都下陷了。”工部主任王書玲下令檢查，回來時與陶金壹致。他還說，寺廟、明樓、寶城和其他重要地方都沒有損壞。結果工部也向萬歷皇帝報告，陵墓是重要場所，建成不到壹年就發生事故，內外管理官員都要調查處理。侍郎張還舉了湖北仙靈殿閣漏水的例子，處罰管理官員，要求對此進行調查。所以萬歷皇帝批評王書玲的回聲，說陵墓是重要的地方，怎麽能說地陷不重要呢？他還決定對提督工程太監周宣、左監工郭全根、工頭易、外交大臣、官修工匠王選進行質詢。
事情還沒完，工科老師吳就對萬歷皇帝說:“城門、寺廟大量下陷，寶城磚石坍塌損壞更令人擔憂。”萬歷皇帝立即命令工部侍郎陳和主事的胡汝琴再次前往墓地。回來後匯報說墓地下陷嚴重，單筆和毛恩寺的方墻都有不同程度的下陷和閃光，和陶金、王書玲演的大相徑庭。萬歷皇帝非常生氣，立即命令都察院加入工部參加事故。這壹次，懲罰比上壹次更嚴厲。周宣、各降三級，免去管事之職。熊如達做了官，有了皇冠，生活清閑，雍容華貴地出了商；易、各降三級，調離工作崗位；等法務部再問；朱恒以尚書為官；楊俊青等4名監事被降級，郭元祥被減薪半年；馬陸等法務部提問。陶進、免於虛報，是因為上報時間與陳、胡相差壹個月，其間大雨不斷，地陷相繼增大。
由於昭陵的茂恩門、茂恩殿、城墻下陷嚴重，萬歷三年(1575)正月，萬歷皇帝不得不任命工部左侍郎陳等知府重修昭陵。七月，宮鈴結束了。
因為昭陵多次開工，耗費了大量的人力物力。第壹次動工(指地面建築)時，工部於萬歷元年十月對施工所用的錢糧進行了清點，清點庫銀390932兩，還不包括神木等三廠植木用銀、大同橋梁廠白城磚用銀、大石窩等廠折舊石用銀、戶兵雇軍工糧用銀。萬歷元年十二月，工程署驗廠庫贈梁式等。建造昭陵所用的錢和糧食的數量。除了上面提到的工部實用銀之外，還有戶部和士兵用銀1101050，共計501050。其中；公司用銀204422，宇恒13145，都水118854，屯田164628。
文獻中沒有明確記載第二次修復所用的銀量。但據明熙宗記載，前後兩次修建的有1.5萬兩白銀。這還不算嘉靖年間修建弓玄的費用。如果算上嘉靖年間陵營的開支，總花費至少在200萬兩以上，幾乎相當於隆慶的財政總收入(隆慶壹年的收入約為230萬兩)。因為建設昭陵需要巨額的資金和糧餉，工部極缺庫銀。萬歷二年八月，涿州橋修好了，但工部拿不出銀子，兵部也派不出軍事工匠。於是，侍郎張只好請求萬歷皇帝讓他母親捐錢雇人修建。明朝滅亡後，昭陵兩次被毀。1644年，明樓被戰火焚毀；清康熙三十四年(1695)三月五日，天降傾盆大雨，靈恩殿和靈恩二殿遭雷擊起火。陵墓士兵竭盡全力只保存了兩個靈恩殿，靈恩殿被完全燒毀。隨著時間的推移，到了乾隆年間，兩座寺廟和林根門相繼遭到破壞。
乾隆五十至五十二年(1785-1787)，清政府為緩和民族矛盾，對十三陵進行了修繕。昭陵也在修繕中。從遺址分析，當時只修了三個工程:明樓、茂恩門、茂恩殿。這次改建使墓地體系更加完整了壹點，但改變了原有建築的規定。