康熙帝急於與俄國簽訂和約，為的是騰出手來對付蒙古準噶爾部落首領噶爾丹發動的叛亂。
早在元朝滅亡後，成吉思汗的後裔退守長城，駐紮在大沙漠的南北，逐漸形成了漠北蒙古、漠南蒙古、漠西蒙古三大部分。這些蒙古部落互相攻擊，經常南下騷擾內地。後來努爾哈赤和皇太極通過征討、聯姻、結盟的方式征服了漠南蒙古。
清代設立蒙古衙門(後改為院)，管理蒙古各部，並將漠南蒙古分為六盟、二十四部、四十九旗。這樣，漠南蒙古各部就成了清政府最可靠的盟友。漠北蒙古，又稱喀爾喀蒙古，在漠南蒙古之後與清朝建立了朝貢關系，每年向清朝供奉壹匹白駱駝和八匹白馬，稱為“九白貢”。
清朝入關後，僅靠幾十萬滿族人是無法維持中國的統治的。為了彌補實力的不足，多爾袞、順治、康熙都把聯合蒙古各部作為重要國策。
然而，此時仍有居住在阿爾泰山以西的莫西蒙古人拒不合作。莫西蒙古又稱額魯特蒙古，分為杜爾伯特、圖爾庫特、和碩特、準噶爾四個部分。其中，準噶爾最為強大。它合並了霍多爾科夫斯基部和杜爾伯特部，把圖爾科特部排擠到了俄羅斯的伏爾加河流域，把霍多爾科夫斯基部的人趕到了青海和西藏。
準噶爾控制了阿爾泰山壹帶，繼續東進，試圖占領漠北廣大地區。喀爾喀諸部擋不住準噶爾騎兵，只好趕到漠南，請求康熙皇帝保護。
康熙帝將科爾沁草原借給廓爾喀各部，幫助他們大量牲畜、茶葉、布匹，並派人勸準噶爾部首領噶爾丹返回阿爾泰山地區，回到廓爾喀老家。噶爾丹自以為兵力強大，不僅不理會康熙帝的命令，還帶領數百將士來到蒙古南部的烏吉木沁草原，希望與康熙帝抗衡。
康熙帝見噶爾丹如此猖狂，以至於威脅到了自己的安全。康熙二十九年(公元1690年)，馬莊秋高氣爽，草木肥美之時，下令征討。他親自領兵駐守塞外，任命其弟太子於為大將軍，在距離北京僅700裏的烏蘭布統與準噶爾兵作戰。
加爾丹沒有正式與清軍會師，至今不知道深淺。他把山旁列為“駱駝城”，把壹萬只駱駝綁在腳上，讓它們躺在地上，在駱駝背上搭起箱子和垛，用濕氈子蓋好，然後讓主力部隊躲在“駱駝城”裏，從箱子和垛的縫隙裏射箭。
清軍在河對岸隱蔽布陣，先用火炮轟擊“駱駝城”，打死不少駱駝和騎兵，然後步兵趕過來，擊潰準噶爾軍。加爾丹知道自己打不過清軍，於是當晚就把軍隊撤到高處。第二天壹大早，他就派藏喇嘛隨軍到清營求和。
清朝將軍立即派人向康熙皇帝報告情況，並派使節到加爾丹營地，讓加爾丹向“衛靈佛”發誓不再進犯。噶爾丹連忙跪在使節們面前的“韋靈佛”前磕頭，顯得十分虔誠。看到這種情況，特使放心地回去了。
康熙帝得到高爾丹乞降的報告，擔心將軍被他忽悠，馬上派人對將軍說:“高爾丹是個狡猾的人，我們必須提防。”沒想到這個命令達成，高爾丹已經走了。
高爾丹離開輜重，率軍狂奔，沿途放火焚燒草原，試圖切斷為清軍提供糧食的路線。無數士兵壹路病死餓死，回到家鄉，幾十萬大軍只剩下幾千人。
為了徹底孤立噶爾丹，次年5月，康熙皇帝親自到多倫(今蒙古首都烏蘭巴托)召集蒙古王公開會，會前舉行了盛大的閱兵儀式。
閱兵式的淩晨，八旗整齊地排列在會場，鎧甲鮮艷，長矛鋒利。不壹會兒，號角響起，康熙皇帝騎著壹匹英俊的馬，穿著閃亮的盔甲，緩緩而來。只見他不到四十歲，身體挺得筆直，眼睛亮亮的，鼻子微微鷹鉤鼻，臉上有稀疏的麻子。壹看就知道他雷厲風行。
康熙帝接受國王、大臣、王子、蒙古王公的朝拜，帶領他們檢閱蒙古各部騎兵。壹路上他用熟練的蒙古語與蒙古王子親切交談。更神奇的是，考察結束後，在蒙古王公的要求下，當眾射了十箭，九箭命中靶心。
頓時全場歡聲雷動，眾人高呼良久。後來，康熙皇帝獎勵了幫助追捕高爾丹的蒙古王公，懲罰了暗中給高爾丹通風報信的人。蒙古王公見康熙帝不僅弓馬嫻熟，賞罰嚴明，對他完全信服。
康熙皇帝根據皇太極編《漠南蒙古》將漠北蒙古編為三十七旗。由於蒙古各部信奉喇嘛教，他下令在多倫建立惠宗寺。為了紀念這壹偉大的聯盟，他還親自為惠宗寺題詞，並命令人們將它設立在惠宗寺。
雖然高爾丹被打敗了，但他仍然不放棄。五年後，他率領三萬騎兵入侵巴彥烏蘭，大肆掠奪。他還揚言要借六萬俄鳥和矛兵，要調兵深入。
康熙皇帝接到消息，決定第二次親征。他命令東北三省的清軍為東路，陜甘地區的清軍為西路。他親自帶領中軍從獨石口進入大漠。在沙漠中行進。食物和草經常是夠不著的。康熙皇帝和官兵們壹起吃著幹肉喝著馬奶，沒日沒夜地走了70多天，才聽到高爾丹流落在克魯倫河的消息。
有些大臣怕苦怕累，聽說敵人還遠，就勸阻說:“道路迂回，糧草供應不連續。走了70多天，還沒見到敵人。皇上不妨暫時回歸駕位！”康熙皇帝聽了很生氣，斬釘截鐵地說:“我已經給天地廟獻過祭了。現在，如果回去不見敵人，怎麽面對全世界人民？”他立即下令向克魯倫河進軍。
到達克魯倫河後，康熙帝下令諸侯王子和將領前來商議此事，然後才紮營。他坐在地板上，拿出自己畫的作戰地圖，詳細部署作戰策略。後來又派使節渡河到加爾丹營地，要他明天決戰。
加爾丹不相信康熙皇帝會親自來這裏。他笑著說:“沒那麽容易！”但當他爬上克魯倫河邊的北莫納蘭山時，看到了河南岸的清營黃閣龍閣，十分分明，將士們聚在壹起，東拉西扯。
他害怕極了，不禁心想:“不會這麽容易吧！怎麽這麽容易就來了？”然後跌跌撞撞的回到軍營，不說話了。那天晚上，他離開了他的帳篷，帶領他的部隊向西。
第二天早上，清軍來了個決戰，卻發現加爾丹的營地空無壹人。康熙帝立即帶領騎兵輕裝追擊，沿途可以看到高爾丹軍隊遺棄的財物和牲畜，還有行動不便的老人和小孩。清軍追了三天，沒能追上，只好停止追擊。康熙帝估計噶爾丹很快就會和西路軍遭遇，於是派人通知西路軍迅速收兵。