其主要內容是強化內閣的行政和監督責任，完善官、戶、禮、兵、刑、工六部的監督職能。六部是官、戶、禮、兵、刑、工六部對應的監察機關。張用六個部門監管六個部門，用六個部門督促各部門和地方政府呵護和施壓。最後，內閣直接控制六個部門，對各級官員有監督權。考核辦法還實行隨時檢查、事事向六部、都察院等具體行政衙門請示的檢查制度。
這種嚴密完備的考試制度，將宦官對六科的指揮權和奏檢章的權利交給了內閣，從而在壹定程度上減少了宦官幹預政治的可能性，大大提高了內閣的權威，集中了記錄的權力，從而加強了天下的中央集權。考試方式提高了效率，減少了部門之間的推諉扯皮，使精簡機構、節約政府開支成為可能。
後來，張為了提高官員的素質和行政效率，下令裁減部內各部門的冗員和各省、州、州、縣的官員。這些都為張此後進行的各項改革奠定了基礎。通過整頓吏治、精簡機構，張獲得了壹支精幹高效的行政隊伍，為推進經濟改革做了思想和組織上的準備。
在整頓吏治的過程中，張對嘉靖、時期貪汙受賄的社會狀況深惡痛絕。因此，他上任首輔後，果斷采取措施懲治腐敗，決心扭轉政風和書生習氣，做到有所為，有所賞，有所懲，以重振昔日雄風。
嘉靖以來，全國貪腐金額之大，令人震驚。嚴嵩號稱“夏倩”，抄出來的財產居然有黃金三萬余兩，白銀二百余萬兩；有貪便宜名聲的徐階，雖然他的金銀沒有記載，但從他占有40多萬畝土地的事實可以看出，他的貪汙受賄也是相當可觀的。
在權貴權貴的影響下，大大小小的官員以官銜為生命，以鉆刺為習俗，以受賄為交際。就連以懲治腐敗為己任的監察機關也日益腐敗。禦史經常利用手中的權力，收受賄賂，枉法裁判，中飽私囊。但是，迎合他們的人，哪怕賄賂亂七八糟，魚肉百姓，也不問。
張對政治腐敗的危害性有著清醒的認識。他說，人民的逃亡和反抗“不是普通人喜歡作亂”，而是“根源於官員管理不清和貪官做害”。
大小貪官視詔令如紙，政令難行。更有甚者，“收受給國家帶來災難的人的賄賂，讓給國家帶來災難的人走而不被逮捕……”所以他認為:“沒有什麽比解決民生更迫切的了；解決民生的第壹要務是整頓吏治，懲治腐敗是改革政治、整頓吏治的關鍵。鑒於政治腐敗的危害性，張獨掌國民政府後，將懲治腐敗的思想全面付諸實踐，並貫穿於改革之中。
驛政、稅役是明朝中後期最大的財政弊端，也是貪官汙吏行騙的源頭。郵政投遞是壹個為官方活動服務的官方運輸組織。在嘉靖和隆慶年間，主管當局作為壹種恩惠任意分配郵政服務。郵政用戶不僅利用各種借口勒索錢財，還接受商人的賄賂，帶入大量違禁品，加重了人民的負擔。
針對這種情況，張在重申舊禁令的同時，制定了相關規定，嚴格檢查，加強管理。官員不允許幹擾郵政投遞，除非他們是因公出差，違者必究。國內外的官員都不允許使用郵政投遞，以避免重復收費的弊端。在征收賦稅方面，手續繁雜奸詐，使得那些侵漁剝削的貪官鉆了空子。張實行鞭笞法，大大簡化了納稅服務項目，在壹定程度上制約了貪官汙吏的腐敗行為。
對官員腐敗的考察是明代考試制度的重要內容，居於考試項目之首。但明中葉以後，考證、舉例嚴重失實，使調查逐漸失去了攪濁促明的功能。為此張提出:吏部、都察院監督傅氏報刊，若傅氏報刊考語不準，則以“不稱職”論處；內閣、六部監督吏部、都察院，發現考語不準，也以“不稱職”論處。
這樣各級都有責任，都有監督，各相關部門都不敢虛偽地欺騙上級。萬歷二年(1574)，在張的建議下，明朝在文華殿設立內外官書屏，列明天下中高級文武官員。每個官員張貼壹個帖子，每十天更換壹次，盡可能真實地反映自己的職位，以便皇帝和內閣直接了解和監督官員。