明朝嘉靖十三年，明世宗命李使為使，行人高澄為駐琉球副使，陪同琉球使團。回國後的壹年，陳侃寫了壹本書《使琉球錄》(1534)來說明他的皇帝之旅，其中記載了經過釣魚島的情況:“五月初壹，我等壹船六石。還有，從壹開始到第二天，犧牲大海上船。9號，隱約看到壹座小山，是小琉球。10日，南風刮得很快，小船像蒼蠅壹樣飛來飛去...穿越平家山(彭家峪)、釣魚島、黃毛嶼、赤嶼島，可看的東西實在太多了，日夜三天的行程。11號晚上看到了古彌山，屬於琉球。彜族人在船上跳舞，在家其樂融融。”這段話說明了兩層意思。第壹，釣魚島是琉球的必經之路，琉球早已被中國海圖標註。第二，釣魚島屬於中國的領土，因為“野蠻人”穿越釣魚島“走了三天三夜”，看到“古米山”，很快就高興到家了。由此可見，釣魚島、黃毛嶼(黃薇島)、赤尾嶼(赤尾嶼)自古以來就不在琉球管轄之下。
戚繼光以釣魚島為戰略防線。
明朝嘉靖三十四年，因倭寇頻繁騷擾我海防，明世宗下令時任兵部尚書的柏楊派使者去見日本國王，控制日本人，釋放被掠奪的中國僑民。柏楊派出的特使名叫鄭順恭，這是中國首次正式向日本派出的“問責特使”。
鄭舜恭回國後寫了壹本書，叫《日本鏡》(1555)，由《萬歌》、《海津鏡》、《天使之旅》三部分組成。其中關於臺灣省、琉球、釣魚島的重要記載，成為明代中日、釣魚島研究。《長歌·萬裏》壹書中明確記載釣魚島屬於臺灣省附屬島嶼:“取小東島雞籠山，約十時，取釣魚島。由於梅花跨越澎湖、小東、琉球、日本，這個等式也是陳出使琉球時得來的。澎湖島在春海，壹百六十裏。”所謂“小東”，是指當時臺灣省島的稱謂，明確了臺灣省、澎湖、釣魚島是中國的。
書中特別強調釣魚島屬於臺灣省島:“釣島、小島、小島”，即釣魚島是臺灣省的附屬島嶼。這裏之所以強調釣魚島，與當時的抗日背景是分不開的。當時戚繼光抗戰，把釣魚島作為戰略防線，遏制日本入侵。從此，釣魚島成為中國大陸抵抗日本侵略和海盜騷擾的重要陣地。無論是明代鄭若曾繪制的萬歷沿海地圖，還是鄭若曾與浙江知府胡宗憲共同編制的海圖匯編，還是毛繪制出版的《中國海防圖》、吳北之《海防二》的《福建沿海沙圖》、乾隆皇帝敕令繪制的《昆玉全圖》，都標註了“釣魚島”、“黃薇山”、“赤玉”。