第二次鴉片戰爭後，海口港作為對外貿易口岸，最早對英、俄、法、美、歐各國開放。清朝光緒年間，瓊州海關在海口正式成立(簡稱“瓊關”，俗稱“陽關”)，高級職位由外國人擔任。全面實行外國海關制度後，瓊海關只是按照稅務總局的命令行事，為帝國主義列強傾銷商品，掠奪中國資源，打開了方便之門。
新中國成立後，中華人民共和國海口海關成立。在海關總署的集中統壹領導下，肩負著守衛國民經濟南大門的重任，認真履行國家賦予海關的監管、稅收、緝私三大任務。文革期間，海口海關的工作受到嚴重影響。1971年，海南區革委會甚至批準撤銷海口海關，直到1972年才恢復。
十壹屆三中全會以後，海關工作進入了壹個嶄新的時期。中央決定加快海南的開發建設，建立海南經濟特區，並給予很大的優惠政策。海南經濟顯示出強大的活力，隨著海南對外貿易和經濟建設的發展，海關業務量急劇增加。1984年，經國務院批準，海口海關升格為局級海關。
海口海關將全面準確貫徹“依法行政、守護國門、服務經濟、促進發展”的海關方針，便利合法出入境，提供優質高效服務，按照“政治強、業務優、守信用”的要求，紮紮實實做好各項工作，為海南外貿發展做出貢獻。
中華人民共和國(中國)海口海關是直屬海關總署領導的正廳級(局)級出入境監督管理機關，管轄海南省全境，海關總署辦公地點位於海南省海口市濱海大道61號。
海南省位於中國的最南端。北瀕瓊州海峽，西臨北部灣與越南民主共和國相對，東接南海與臺灣省相對，南海與菲律賓、文萊、馬來西亞相鄰。全省陸地總面積(主要包括海南島和西沙、中沙、南沙群島)3.5萬平方公裏，海域面積約200萬平方公裏。海南島周邊海岸線長1528公裏，沿海港灣68個。
早在宋代，海南就有瓊州船政司，隸屬於廣州船政司，管理海南島的海上貿易活動。主要門戶是瓊山、澄邁、臨高、文昌和樂惠。清康熙二十四年(1685)，清政府在江蘇、浙江、福建、廣東設立了四個海關。海口通用口岸是廣東海關七大通用口岸之壹。位於海口市新華北路，專門查驗進出海南島的貨物，征收關稅、海運稅、法規。鹹豐八年(1858)，第二次鴉片戰爭失敗，清政府被迫簽訂《天津條約》，開放海口為通商口岸，對英、俄、法、美等西方列強開放，洋貨開進來。進出口船舶主要來自英國、美國、德國、法國、丹麥、荷蘭、瑞士和挪威。光緒二年(1876 4月1)三月初七，瓊州海關稅務署(以下簡稱“瓊海關”，俗稱“洋關”)在海口正式成立，辦公地點在海口市中山路南端。瓊海關實行洋稅署制，洋人控制海關主權，在總稅署的命令下行動。瓊海關職能廣泛，除監管進出境船舶、貨物、物品、查稅、征收關稅、打擊走私外，還負責口岸管理和建設。瓊海關設有港務部門，負責管理進出港口的船舶，測繪海口河、瓊州海峽及沿海地區，建立和管理燈塔、浮標、礁標等助航設施。光緒二十三年(1897)至宣彤三年(1911)，還辦理了海口、瓊州的郵政。
瓊海關設立後，為區別洋關，原海口總口岸及其分口岸統稱為“長關”，民國二十年(1931)五月廢止，海南口岸長期存在洋關與長關的局面。從光緒二年(1876)到民國三十年(1941)的65年間，先後有英、德、美、俄、日、丹麥、西班牙、葡萄牙、挪威等9個國家的外國人擔任稅務司職務，共有38人。其中以英國和德國居多，分別為21和9。
瓊海關建立後，海南的對外貿易日益繁榮。宣彤元年(1909)，對外貿易總值達756.7萬貫，征收的稅收為28.3萬貫，為歷年之最。其中，鴉片進口占了相當大的比重。光緒十二年(1886)，征收的稅款為13.3萬，僅鴉片稅就達5.8萬，占當年征收稅款的43.6%。民國二十八年(1939)，日軍占領海南，對外貿易大減。民國31 (1942)年，瓊海關被日本人占領，稅務署改名為“海關署長”。之後，海南除了進口日本貨，海南與其他國家的貿易基本中斷，稅收很少。民國34年(1945)，抗戰勝利後，國民黨政府接管瓊海關。不久內戰爆發，對外貿易癱瘓。
1950 5月1日，海南島解放，海南軍政委員會派軍代表接管瓊關。同年6月1日，更名為中華人民共和國海口海關，地址為今海口市德勝沙路4號。海口海關在海關總署的統壹領導下，按照“完全接管、逐步改造”的原則，逐步對舊的海關體制進行了根本性的改革。移交與口岸管理部門無直接關系的口岸工作，認真履行國家賦予海關的監管、稅收和走私稽查職能，配合國民經濟的恢復和建設。
1958年9月，全國海關局長會議提出:“海關作為人民民主專政守衛國門的工具之壹，必須以經濟政治安全為自己的工作中心。”海口海關的職能也從主要經濟方面的監督管理擴展到打擊各種政治破壞活動。對出入境旅客行李、郵遞物品的檢查，當場采取了翻箱倒櫃、開包過機等措施。同時，嚴格執行《海關檢查和曝光進出口貨運事故辦法》，檢查和曝光貨運事故是主要工作之壹。“文革”期間，海口海關的業務和規章制度遭到嚴重破壞，機構被打亂，許多業務骨幹被下放到農村或調走，業務基本癱瘓。從1953到1972，海口海關的行政隸屬關系幾經變動，曾隸屬於外貿、口岸等部門。自1976 10起，海口海關逐步恢復各項通關服務。4月1983，1中共中央、國務院印發《關於加快海南開發建設的討論紀要》，放寬政策，賦予海南更多自主權。海南利用外資項目發展迅速，各種新型貿易方式不斷湧現。但在1985結束時，根據國家政策的調整，大部分優惠政策被停止。
1988年4月，中華人民共和國第七屆全國人民代表大會第壹次會議通過了《關於設立海南省的決定》和《關於設立海南經濟特區的決定》。同年4月14日，國務院批準《關於進壹步擴大對外開放加快海南島經濟開發建設座談會紀要》。同年5月4日，國務院發布《關於鼓勵投資開發海南島的規定》，給予海南多項進出口優惠政策，海南進入新的歷史發展時期。從1994到1996，海南經歷了特區政策的大調整，經濟經歷了大起大落。但隨著海南省委、省政府不斷開拓努力，打造區域經濟優勢，到2008年，海南國民生產總值為6543.8+0466億元，比6543.8+0987年建省辦特區前的57.3億元增長了24.6倍。海口海關也實現了快速發展，進入了壹個全新的歷史發展時期。