守澎湖的鄭軍統帥劉國軒，在施瑯進攻之前，已經采取了壹些防禦措施。但他只看到6月臺灣省海峽臺風多，就武斷地認為施瑯不會貿然進攻。6月15日，當我得知清軍戰船直駛澎湖時，我大吃壹驚，急忙投入戰鬥。
關於此時鄭軍的兵力規模，施瑯的說法在以前的著述中經常使用:鄭軍有士卒2萬人，戰船200艘，[32]與清軍大致相當。其實這個數字是施瑯為了向清廷邀功而誇大的，很不準確。
據清初人士林夏說，劉國軒“坐舟十九號，戰船六十號”。兵六千人，將帥們分布保衛(澎湖)，自交流督”[33]是老鄉，目睹了鄭三世的興亡，記載為有據可查。此外，我們還發現了兩個間接證據，這表明夏琳的記錄確實是可信的。第壹，清初著名史學家全在神道二題給姚啟勝的碑文中寫道，鄭京“逃入臺省”時，“兵不足萬，船不足百艘”，說明鄭的兵力並不多；二、澎湖大戰前，施瑯部將吳英贈他“五條棍”，說:“船少，而我們船多，就五條船互相攻。不參軍者，為遊騎兵，或為突擊兵，或為援軍”[34]，可見清軍的實力是鄭軍的數倍。從上面可以看出，澎湖之戰，雙方兵力大致如下:鄭軍船70余艘，兵6000人；清軍船只300艘，士兵2萬多人。
6月16日至18日，清、鄭兩軍激戰，互有傷亡。在戰鬥中，施瑯“被壹股箭矢所傷”。清軍休整三天後，於22日分三路向鄭軍發起猛烈進攻。施瑯壹馬當先，“揚帆直下”，清軍“奮勇作戰”[35]。經過七個小時的海上激戰，鄭軍寡不敵眾，全軍覆沒，劉國軒乘船逃回臺灣。清軍隨後占領澎湖三十六島。
6月23日，鄭軍在澎湖全軍覆沒的消息傳到臺灣省，鄭氏集團壹片嘩然。鄭可召集大臣們匆忙商討對策。會上有兩種主張:壹是以建中鎮黃良海為首的壹部分人主張放棄臺灣省，逃往呂宋，繼續反清運動；第壹，以劉國軒為代表的壹部分人，認識到“澎湖已失，人所疑也”，認識到“不識時務者為英雄，大勢已去，應盡快風平浪靜”[36]。在馮希範的支持下，鄭可接受了後者的意見，並立即派遣特使前往福建與姚啟勝談判。康熙抓住這個機會，馬上下詔給鄭，耐心開導他說:“如果妳能悔改投降，帶領妳的偽滿官員、軍民等等，上岸去，赦免妳以前的罪行，還能種下恩典，這樣才算萬事大吉”[37]
七月初，鄭可迅速派密友馮希貴到澎湖講和，正式表示對清朝的依戀，服從安置。鄭克覺等人能夠在關鍵時刻認清形勢，做出這壹順應歷史潮流的決策，無疑對促進祖國統壹起到了重要作用。
7月15日，馮希貴等人到達澎湖，並在桌子上投降。石朗把這件事擱到壹邊。康熙接信，適逢中秋，當場作詩，贊美祖國統壹:“萬裏扶桑早掛弓，水犀軍指空島門。是來法院修身的嗎？溫柔壹開始不是武功。除了秋景，羽林在月色下嬉戲。海曙想了很久的苦，從此耕田也壹樣！”[38]
8月11日，施瑯率清軍至臺灣省。壹路上軍紀嚴明，“無亂，民不知兵”[39]。13日到達臺灣省，“各鄉民眾及當地民眾紛紛向老師問候”[40]。當全國人民聽到臺灣省與大陸統壹的消息時，更加“歡欣鼓舞”[41]。18日，鄭克儉帶領馮希範、劉國軒及全體文武官員繳書，封清。
康熙1683年統壹臺灣省，不僅是清朝的重要事件，在我國歷史上也產生了深遠的影響。
首先，清中央政府的統治權力進壹步加強。
康熙二十三年四月，清政府在臺灣省設置壹府三縣，即臺灣府和臺灣省、鳳山、竹羅三縣，劃歸福建省。同時還有官兵鎮守:臺灣省有巡撫1名，將官1名，副將軍2名，士兵8000人；設澎湖副都督，兵2000。民族團結的形成為整個社會的政治穩定和經濟發展創造了重要的前提。
二是增強了抵禦外來侵略的力量，維護了祖國的獨立和安寧。
16世紀，壹些歐洲國家進入資本主義原始積累時期，開始海外掠奪。17世紀，俄國擴張主義者利用清軍南下。利用黑龍江流域防禦空虛，大肆侵占我領土，壓榨殺害當地民眾。面對俄國的侵略，康熙決定反擊，但在臺灣省統壹之前，難免有掣肘。臺灣省統壹後，清政府不僅解除了後顧之憂，還集中全國的人力物力加強黑龍江流域的防禦，抵禦沙俄的侵略。23年12月，康熙向兵部下達“攻克羅剎”的敕令，下令從鄭家兵中挑選部分精壯兵和雙層藤牌，以便“速送北京”[46]，以加強清軍戰鬥力。這對抗擊俄羅斯侵略者的偉大勝利無疑具有積極意義。荷蘭殖民者於天啟四年(162)入侵臺灣省，以臺灣省為據點，經常在沿海劫持商船，掠奪財富，不僅給臺灣省人民帶來深重災難，也破壞了沿海人民的正常生產生活。鄭成功收復臺灣省後，荷蘭殖民者仍圖謀先占雞籠，“攻克廈金”[47]，準備重新占領臺灣省。因此，清政府統壹了臺灣省，維護了祖國的領土完整，也繼承了鄭成功的未竟事業。正如施瑯所指出的，如果臺灣省不依附於大陸，那麽“無時無刻不在貪婪”的荷蘭殖民者就會卷土重來。壹旦他們再次來到這裏，他們就會“入黨，在場外偷窺，接近門口。這是壹場災難。以後沿海省份就難破了。”[48].臺灣省回歸大陸後，荷蘭等殖民者不得不杜絕，臺灣省和幾個東南沿海省份相安無事近200年。
第三，加強了臺灣省與中國大陸的聯系，促進了幾個沿海省份和臺灣省的經濟文化發展。
清朝初期，為了切斷鄭成功與沿海幾省人民的聯系，清政府壹度實行海禁，導致沿海地區土地貧瘠，人民流離失所，妻離子散。臺灣省與大陸統壹後，清政府於康熙二十三年宣布解禁海禁，招募民眾填海造地。此後，背井離鄉的人陸續回到家鄉。比如福建回鄉的農民，“認老畝，鑿耕之，壹歲貯之，三歲棚之，漸耕至無地”[49]。浙江也是“移步邊疆，引得百姓紛紛開荒”[50]康熙四十四年秋、四十六年春，陳兩次從北京回到福建老家，親眼看到沿海地區生產蒸蒸日上，人民“喜歸邊疆”的景象:“望界外戰場或，推糧麥……望良田”。“臺灣省不平坦，這是禁地荒地。夷平之後，野茫茫的，變得青黃不接；她家墻的墻復原為雕鬥的華堂。”[51]可見，臺灣省回歸大陸後，東南沿海地區的經濟發展迅速。