諷刺的是，中國是爪哇最早的伊斯蘭傳教士，但現在印尼華人大多不是穆斯林。有壹種理論認為，在15世紀，鄭和等中國商船將伊斯蘭教帶到了印度尼西亞。另壹種理論是印度人把伊斯蘭教帶到了馬來半島和印度尼西亞。荷蘭人的愛
最早的壹波中國移民發生在荷蘭殖民的早中期，大多數是尋找商機的商販。
華人和印尼原住民的關系到今天還是有問題的。有評論認為，這可以追溯到荷蘭殖民時期。當時荷蘭的殖民政策偏向華人，因此華人在這壹地區確立了經濟主導地位。
荷蘭人建立的社會等級制度，讓華人很難與當地原住民融合。因為中國人和阿拉伯人是社會的第二階層，原住民是最低階層，歐洲人是最高階層。荷蘭人是選擇性優待某個少數民族或宗教以破壞原有社會制度的策略的發明者。中國人成了他們殖民統治的道具，成了他們與原住民沖突的緩沖器。法國人和英國人後來采取了同樣的策略，利用當地的天主教徒和猶太人來統治阿拉伯世界。
許多中國人成為殖民統治的支持者，因為荷蘭人認為他們聰明、勤勞，有能力管理大農場。事實上，在荷蘭殖民初期，華人積極支持荷蘭人在這壹地區建立統治地位。比如17世紀，萬丹省的“中國船長”蘇·本·孔(Souw Beng Kong)在主政雅加達期間，組織了大量的中國移民到印尼，極大地震動了這壹地區的經濟，使荷蘭人更容易征服伊斯蘭王國的萬丹。
作為獎勵，蘇明剛(宋巴公)在1619成為中國的第壹個卡皮汀。並以封地獎勵其繼承人，授予Sia世襲爵位。這些貴族修女掌握了大量從爪哇原住民手中沒收的土地和財富。就這樣，他們統治了雅加達娘惹和中國。這個系統後來擴展到包括爪哇在內的其他島嶼。
那些被剝奪了土地的土著人缺乏建立自己領地的經濟基礎。所以他們試圖用武力奪回他們的土地。
荷蘭人和中國人參與了成千上萬爪哇奴隸的貿易。爪哇人被認為容易出問題，所以被運到蘇門答臘的中國農場。荷蘭人經常對中國人不友好。18世紀前期，從雅加達開始，中國人就在經濟上占主導地位，這在某種程度上導致了他們之間的關系越來越緊張。
大量華工建設了雅加達這座城市，並在附近開墾土地，中國商人的數量也在不斷增加，這使得荷蘭東印度公司(VOC)越來越依賴中國人。
由於東印度公司的大部分利潤來自亞洲國家之間的貿易，並不運回荷蘭，雅加達的華人自然成為接觸中國的最佳途徑。
荷蘭人和中國人在經濟上相互依賴，所以理論上應該有很好的關系。但是中國人的社會地位其實和荷蘭人是平等的，是經濟上的對手。這個因素導致荷蘭人越來越討厭中國人。
引起仇恨的不僅僅是華商幫派，還有華人在爪哇島各個經濟領域的活動:富有的華人從中國帶來窮人當苦力，進行農業生產。這些苦力成為最重要的經濟領域——甘蔗種植園的主要勞動力。
越來越多的苦力被引進，導致到公元1740年，中國人口占了荷蘭東印度公司統治區域的壹半。1690年，殖民當局嚴禁從中國引進苦力。然而，這並沒有阻止從中國進口苦力的浪潮，雇主們繼續通過賄賂官員來引進苦力。
從65438到0720，歐洲市場逐漸飽和，糖市面臨越來越深的危機。爪哇的甘蔗農場面臨著來自更便宜的巴西糖的激烈競爭。許多農民破產，殖民當局沒有采取措施緩解日益嚴重的失業問題，壹些絕望的失業者成為暴民。
最後，殖民當局宣布加裏曼丹苦力將被運送到錫蘭南部加勒的荷蘭種植園。無法得知是否是荷蘭人的真實意圖，謠言開始流傳，荷蘭人想把這些苦力運到海裏扔掉。苦力拒絕上船，叛亂爆發。叛軍不僅在農村搶劫，甚至襲擊了雅加達。
盡管沒有證據，雅加達的荷蘭人懷疑該市有5000名中國人計劃加入叛軍。10月9日，荷蘭人下令搜查雅加達所有中國居民的住所。這最終演變成了壹場為期三天的全方位大屠殺——所有中國人都在自己家裏被屠殺，之前被俘的立即在監獄和醫院被處決。
壹個傳教士煽風點火，說殺華人是“天意”，據說殖民政府懸賞每個人頭。這次大屠殺的受害者估計有5000到10000人。卡利昂克這個名字據說來自大屠殺造成的“血河”。
之後，殖民政府宣布“復辟繼續”。在其他荷蘭統治的城市，如雅加達，中國人被指定居住在特定的區域。雅加達的華人被指定住在格洛多克區，現在還有很多華人住在那裏。
屠殺發生後，荷蘭總督阿德裏安·瓦爾肯尼爾(Adriaan Valckenier)被逮捕，並被要求向海倫十七世(第十七殿下，荷蘭東印度公司董事)作出解釋。他死在獄中，但對他的指控被宣布“免於死刑”。
這件事後來經常被提起，尤其是局勢緊張的時候。
繼續移民，分三支。
即使是這樣的血腥事件也沒能阻止華人繼續移民印尼海島。在中國找不到的經濟機會比歧視和壓迫的危險更有吸引力。
在這壹時期，早期的中國移民與中國大陸有著更密切的聯系，這表現在他們強烈的回家和以此為臨時居住地的意識上。
從18世紀中期開始，乾隆皇帝認為這些流亡者是漢奸，會對中國造成威脅，移民對回國的態度開始轉變。雖然乾隆皇帝采取了閉關鎖國的政策，但沒有證據表明這些海外流亡者被禁止回到家鄉。
然而，許多流亡者發現印度尼西亞群島對他們更有吸引力。滿清政府的敵視和壓迫導致更多的人遷出中國。在舒適生活的誘惑下，壹些人不再與中國大陸為伍。他們被稱為“饞娘”。有些寡母嫁給當地土著，但壹般都是苦力的女兒。
很多中國人認為自己是荷蘭人，信奉天主教。他們不僅通常受過良好的教育，有很高的社會地位，而且他們還模仿西方的生活方式，認為自己高人壹等。他們被稱為海外中國學生。19世紀後期，大部分以Sia為爵位的貴族家庭迅速西化。到20世紀初，他們中的許多人——尤其是雅加達附近的人——甚至“比荷蘭人更荷蘭化”。這些Sia貴族原來是殖民統治最堅定的支持者。
這些仍然與中國大陸保持關系的中國人，仍然保持著他們的中國信仰和習俗，把陳娘惹和華僑學生視為不孝之子，因為陳娘惹和華僑學生試圖回避中國傳統，這些仍然“純粹”的中國人被稱為新訪客。
這三個印尼華人群體的民族觀完全不同。
海外華裔學生更傾向於荷蘭，Channyangnya更傾向於印尼原住民，新人更傾向於中國。
荷蘭改變政策後，Sia貴族開始衰落。
20世紀二三十年代，長期主導經濟的Sia貴族被他們支持的荷蘭殖民政府系統性地摧毀。威廉敏娜女王在荷蘭議會的演講中強調她欠東印度群島“道義債”後，殖民政府實施了所謂的“社會政策”。這壹政策的目標是結束爪哇的封建制度，打破貴族的枷鎖。
結果，中國的Sia貴族，而不是土著貴族，在這個政策中遭受了損失。土著人的土地在殖民初期被荷蘭人沒收，馬賈帕希特王國被分為四部分。為了補救這種不得人心、實際上是種族主義的政策，荷蘭人推出了壹項計劃，招募這些中上階層、半貴族家庭的人當公務員，他們被稱為普裏亞伊。
荷蘭政府強行收購貴族的封地，摧毀了很多中國地主家庭。雖然他們中的許多人成功地轉移到了商業領域，但大多數前Sia貴族(該頭銜在40年代被廢除)都被新客戶取代了。後者仍是印尼最強大的族群。
隨著封建Sia貴族的衰落，印尼華人經歷了壹個現代化的過程，他們建立了西方式的社會和政治制度。20世紀20年代，他們在泗水的爪哇建立了第壹所非西方學校。20世紀60年代，許多中國學校建立在大城市。第壹份中文報紙和政黨也是在這壹時期成立的。這些政黨有的認為自己是印尼國運的壹部分，有的還認為印尼華人是中國國民。印尼華人是否是中國國民的問題幾十年來壹直懸而未決。