1988 9月23日，縣政府決定設立昌樂縣實驗中學，只招收初中班。昌樂縣第五中學停止招收初中班，招收實驗中學學生。
1989年7月20日，“昌樂縣第五中學”更名為“昌樂縣第二中學”，確定為縣重點高中。初中搬到了實驗中學，初中老師也隨著學生調到了實驗中學。此外，從其他學校調來了壹些高中教師，並從大學畢業生中招聘了壹些新教師來充實教師隊伍。
1991 3月，市委市政府授予學校“政治戰線先進集體”榮譽稱號。1991、1992年選拔派出5名飛行員，學校被授予“山東省飛行先進單位”榮譽稱號。1993年5月3日，學校制定了《關於長樂二中試行學校內部管理體制改革的初步意見》，提出“要通過學校內部改革，改變學校管理體制，理順各方面關系，激發幹部職工積極性，提高辦學效益，進壹步提高教學質量”。1994根據黨中央“抓住機遇，深化改革，擴大開放，促進發展，維護穩定”的指導思想和縣教委“壹手抓教學，兩手抓收入”的要求，制定了學校工作的指導思想，即“以改革為動力，以教學為中心，以德育為首，以收入為基礎，全面貫徹黨的教育。從那時起，學校的工作穩步前進，每年都達到壹個新的水平，每年都上壹層樓。1994 10 6月14日，縣委組織部任命秦同誌為昌樂二中黨支部書記、校長(校長趙來春因年齡原因退居二線)。秦校長繼續貫徹“依法治校”方略和主任等級制，並發揚光大，使二中各項工作上了壹層樓。65438+2月65438+7月，省綜治辦領導小組(省人事廳副廳長、省綜治辦單主任、黨組主任)在市委常委、政法委書記、綜治辦副主任、縣委書記孫壽福、杜的陪同下 縣紀委書記、政法委書記，來到學校檢查社會治安綜合治理責任書落實情況。 1996年3月，學校被山東省委、省人大、省政府授予“十二五普法先進集體”。從65438到0998，高考實現全縣“四連冠”，教學質量位居濰坊普通高中前列。學校先後被省市縣定為依法辦學聯系點、愛國主義教育基地、中學生團校示範點、素質教育聯系點、文明創建示範單位。先後獲得山東省文明單位、山東省普法先進集體、山東省中學生優秀團校、山東省優秀高校招生考點、山東省招生工作先進單位、濰坊市教書育人先進單位、濰坊市優秀體育傳統項目學校等30多個省市榮譽稱號。縣委、縣政府連續幾年對學校進行通報表彰，稱贊“二中是全縣教育戰線的排頭兵”。2000年9月，受到縣委、縣政府表彰，被授予“昌樂縣高中教學先進單位”。2000年，學校的“統考優秀率”、“考試合格率”、“思想品德評價優秀率”、“體育課合格率”、“高考率”仍居全縣第壹、全市第壹。在全國中學生數學物理奧林匹克競賽和全國中學生英語競賽中，五科兩級成績均名列全縣第壹。劉永生、馬蓬等50名學生獲得省級以上獎勵，劉新超、尹鵬等4名學生獲得2001普通高校錄取保送資格，學校被評為“山東省奧運優秀學校”。2000年2月，學校工會被市總工會評為“濰坊市先進教師之家”、“濰坊市“學記打招呼”教育活動先進單位”、“昌樂縣工會工作先進單位”。3月，學校第二次被評為“省級文明單位”。5月，學校團委被團委評為“昌樂縣團委工作紅旗單位”。6月，學校黨委被評為“昌樂縣先進基層黨組織紅旗單位”。8月，趙豐平主席在全市思想政治工作會議上作了典型講話，學校被市委、市政府授予“濰坊市思想政治工作先進單位”。《法制日報》、《杜源之光》等十余家新聞單位報道了該校改革創新的紀實和辦學經驗。2000年，該校2名女教師和3名教師的8幅作品在市總工會組織的紀念三八婦女節教師書畫展和第三屆老幹部書畫展上獲市級獎。在本縣“寶都新苗”評選活動中，學校有7人獲獎，獲得全縣總分第壹名，其中3人代表我縣參加市比賽，均取得優異成績。學校男女排球隊代表我縣參加中學生排球比賽，進入全市前六名，獲得“體育道德風尚獎”。2000年，學校順利通過“濰坊市優秀體育傳統項目學校”驗收。2001，學校第三次被評為省級文明單位，榮獲省級普法依法行政先進單位、高校招生優秀考點、濰坊市師德建設先進集體、濰坊市先進基層黨組織等榮譽稱號。，並被指定為依法治校聯系點、素質教育聯合聯系學校、愛國主義教育基地等。被省、市、縣及中國教育報、法制日報、濰坊日報等十余家新聞單位多次。
2002年4月3日，昌樂縣人民政府與山東柯文科技發展有限公司簽約，由昌樂縣人民政府提供教師，山東柯文科技發展有限公司投資在新城區新建第二中學。辦學體制由公辦改為民辦，新學校命名為“山東省昌樂第二中學”。9月28日，濰坊市政府批準以“民辦幫扶”的形式成立山東昌樂二中。