就在日本侵略者久久不能平定的時候，明軍中出現了壹位著名的抗日軍人戚繼光。戚繼光，字敬，出身武將世家。六祖齊襄隨朱元璋起義軍北上，死於雲南。從此，祁家繼承了統領禁軍的地位。按照明朝的制度，指揮官是正司武官。受家庭影響，戚繼光自幼習武，在嘉靖二十三年(1544)父親戚景通去世後走馬上任。他才十八歲，可謂成功少年。但是，戚繼光不想睡在老祖宗留下的資本上。他想靠自己真正的實力實現自己更高的追求。嘉靖三十壹年(1552)參加山東舉行的鄉試，中了武功。能在中國做武術是壹個很大的成就，因為當時壹般參加武術的人，只有十分之七的人通過了第壹次“即射”考試，只有十分之三的人通過了第二次“步射”考試，只有十分之二的人通過了“謀略”考試。嘉靖三十二年(1553)，戚繼光升任都督署，成為規格最高的官員。在離京赴任之前，戚繼光曾經寫過壹首詩，叫做《馬上工作》。詩中有雲“南北驅車向前報主人情，河花邊笑壹生。壹年360天，大部分時間都在穿過戈馬。”戚繼光的晚年，就像這首詩說的，是忙亂的壹生。他在山東、浙江、福建等地與倭寇作戰，特別是在浙江和福建，他表現出了傑出的軍事才能。
嘉靖三十四年(1555)秋，戚繼光來到浙江。當時浙江沿海海盜猖獗，而明軍腐敗，缺乏戰鬥力。明政府先後更換了幾任官員，並從河北、山東、廣西等地招募洋兵進入浙江平窩。而客兵對抗日毫無熱情，面對戰爭往往是逃之夭夭，並借機勒索搶劫平民，甚至殺害平民邀功。所以民間流傳著壹句話:“遇敵不如客兵。有難還能逃，有難就活不成了。”當時還有壹個能幹的官員，胡宗憲。從嘉靖三十三年開始，胡宗憲在東南參加對日作戰。在壹次軍事行動中，戚繼光向胡宗憲提出了壹些合理的建議，使胡宗憲對剛來浙江的戚繼光十分欣賞。在他的推薦下，戚繼光晉升為將軍，鎮守浙江沿海三市寧波、紹興、臺州。三福靠近海邊，防倭任務艱巨。所以這個任命把戚繼光推到了對日作戰的最前線。
龍山之戰，戚繼光開始大顯身手。龍山位於浙江省慈溪縣。東面是日本海盜經常出沒的舟山群島。嘉靖三十五年(1556)九月下旬，壹支800余人的敵軍攻入慈溪沿海，攻打龍山車站。當時呂堂和遊擊尹炳衡領兵迎敵。最近上任的戚繼光也參戰了。習以為常的倭寇，對弱小的明軍毫不顧及。三個敵將領兵進攻，明軍連連敗退。戚繼光深知捉賊先得王的道理。他跳上高處，用弓拉了壹支箭，壹連三箭，射下了三個敵軍首領。這三支箭顯示了戚繼光的高威力武功，穩住了明軍的敗局，開始反攻敵人。敵人見討不到便宜，立即撤退。雖然這只是壹場小小的戰鬥，但戚繼光的勇敢得到了全體官兵的欽佩。
但是，戚繼光也清楚地意識到了明軍在這場戰役中的軟肋。於是他向胡宗憲提出了訓練新軍的想法。胡宗憲等前朝官員曾多次嘗試訓練新軍，都沒有效果，但他最終還是同意讓戚繼光試試。嘉靖三十八年(1559)，戚繼光在浙江義烏招兵3000人。這支軍隊由經過精挑細選的農民和礦工組成，組織嚴密。經過短短兩個月的精心訓練，已經成為壹支勁旅，號稱“戚家軍”，增強了明軍在寧波和紹興的軍事實力。
嘉靖四十年(1561)四月，日軍大舉入侵浙江。他們分兵十余處，以小部隊攻寧海、奉化，以大部隊侵臺州。戚繼光以集中兵力，先消滅最大的敵人為方針，在臺州府配備必要的兵力，命令其堅守，而自己則率領主力圍剿侵入臺州府以北寧海縣之敵。入侵寧海的侵華日軍壹得知“戚家軍”來援，立即逃跑。但此時，從泰州府東面入侵的侵華日軍已經進攻了距離泰州府城只有兩裏地的花街，虛弱的府城岌岌可危。4月27日，戚家軍已經斷糧兩天，但他立即返回泰州府，在花街與敵人展開激戰。齊家軍用火器迎頭痛擊敵人。只花了幾個小時。空腹作戰的齊家軍，取得了斬首308，活捉敵將的戰績，而他只殺了幾個人。據說戰鬥結束時，午飯剛做好。
這時，更多的日本海盜在臺州登陸。5月初壹日，2000多名倭寇從臺州府東北登陸，甚至擊毀船只，以示破釜沈舟，試圖壹舉奪取臺州府的決心。當時戚繼光身邊只有1500名士兵，但他巧妙伏擊，嚴密防守。雙方對峙了三天。日本人見沒有缺口，決定繞過臺州，進攻州府。及時發現了敵人意圖的戚繼光，當然不能讓敵人繞過自己的防區，於是在他們經過的必經之地上峰嶺設伏，搶在敵人之前，給了敵人沈重的打擊。玉寇退到壹座小山上，奮起反擊。戚繼光命令部下在山腳下豎起白旗，讓人高呼:“走到自己手裏的投降者，可以免死。”當時有數百人投降。其余的敵人被戚家軍燒死了。泰州戰役中，戚家軍使用火器、藤牌等武器，熟練運用伏擊、從後進攻、鴛鴦陣等戰術，壹舉殲滅倭寇1400余人，對入侵泰州的倭寇造成了毀滅性打擊。正是由於戚繼光判斷準確，指揮周密，連戰連捷，才基本平息了日軍在浙江沿海的入侵，史稱“臺州勝利”。
後來抗戰前線南移到福建。從嘉靖四十壹年到四十三年(1562 ~ 1564)，戚繼光先後單獨或與連長余在福建取得、、平海衛、仙遊等重大戰果，消滅了日軍在福建的入侵。在對日作戰中，戚繼光立下了汗馬功勞，沈重打擊了日本人的囂張氣焰。正是在戚繼光等人的支持下，明朝的東南海防才最終穩固。