利用這壹點，亞歷山大遠征軍沿小亞細亞西海岸南下，先後占領呂底亞、卡裏亞、柳基亞等地，然後北上安哥拉(今安卡拉)，東至卡帕多西亞，南至奇裏基。公元前333年，遠征軍在西裏西亞東部的伊蘇斯戰役中，以120000對65438擊敗了大流士三世率領的。大流士渡幼發拉底河清理遺跡，同時派使者求和，遭到拒絕。亞歷山大率軍繼續南下至腓尼基，並從波斯海軍據點撤出，從而保證了遠征軍與希臘的交通線。公元前332年初，遠征軍到達沿海要塞提爾(今黎巴嫩蘇爾)，遭到頑強抵抗。經過七個月的海陸圍攻，這座城市終於被攻破了。在這次壹戰中，泰雷茲人陣亡8000多人，被俘3萬多人。之後，亞歷山大又占領了加沙兩個月。至此，遠征軍徹底摧毀了波斯海軍基地，切斷了波斯陸海聯系，奪取了地中海的指揮權。11月，亞歷山大進軍埃及，不流血占領上埃及和下埃及。
公元前331年春，亞歷山大率領4萬步兵和7000騎兵從埃及出發，經過巴勒斯坦和腓尼基，插入美索不達米亞北部，向波斯、巴比倫和伊朗高原腹地進發。為了保證補給，他選擇了底格裏斯河東岸人口密集區的行軍路線，於9月渡過底格裏斯河，並於5438年6月+10月贏得了戈加米拉之戰。大流士三世逃往美狄亞。遠征軍南下，輕取巴比倫，占領波斯首都蘇薩，然後進入伊朗高原，洗劫波斯古都波斯波利斯。短暫停留後，我繼續北上，到了米底亞的首都埃克普拉塔納，去追捕波斯王。在米底斯的首都，亞歷山大遣返了希臘盟軍。公元前330年夏，亞歷山大沿裏海南岸東進，進入帕提亞(安息)。大流士三世被他的下屬巴克特裏亞總督貝蘇斯殺死。古波斯帝國和阿契美尼德王朝滅亡，亞歷山大成為波斯的統治者。建立馬其頓-亞歷山大帝國。波斯帝國由此進入馬其頓阿吉德王朝時期。
波斯帝國滅亡後，亞歷山大繼續帶領軍隊東進。公元前329年春，越過興都庫什山脈，入侵大夏，追擊貝蘇斯至粟特，處死。在粟特，當地居民遭遇激烈抵抗，其中以當地貴族斯皮塔曼領導的起義最具威脅。起義軍壹度收復首都馬拉昆(今烏茲別克斯坦撒馬爾罕)，沈重打擊了遠征軍。亞歷山大在鎮壓叛亂之前在中亞打了兩年多的仗。公元前327年夏，他被富饒的印度河流域所吸引，離開大夏，率領約三萬大軍經開伯爾山口，沿科芬河(今喀布爾河)入侵印度河上遊。公元前326年4月，馬其頓-希臘遠征軍從南亞次大陸西北部到達希達斯皮斯河(今傑赫勒姆河)，與波魯斯王國的軍隊隔岸對峙。亞歷山大率軍渡河，在波魯斯殲滅近兩萬步兵和三千騎兵，迫使波魯斯國王投降。遠征軍繼續東進，到達希臘法西斯河邊。此時部隊內疫情盛行，官兵厭戰情緒加重。公元前10年，亞歷山大被迫決定停止十字軍東征，撤軍。他的兵分水陸，順印度河而下，在印度河河口附近分三路:大海通過阿拉伯海進入波斯灣口的幼發拉底河(希臘人從未走過的新路線)；由亞歷山大親自率領，沿著印度洋海岸向西航行；另壹條支線北至阿拉約西亞，西接亞歷山大。公元前324年春天，亞歷山大回到巴比倫，十字軍東征結束。