玉村河，發源於績溪縣橋頭鄉西坑，在習家砭村與旌德縣玉村鄉杜詩的另壹條支流匯合，自西向東流3公裏，進入寧國市葫蘆鄉，在葫蘆鄉金溪橋匯入西津河，全長30公裏。流域面積160平方公裏，其中績溪、旌德兩縣流域面積130平方公裏，占玉村河流域總面積的81.3%。
湯芳是西津河的重要支流。該河發源於旌德縣樂韻鄉呂佳村大嶺角，自西向東流13km。進入寧國市上潭鄉，經上潭鄉、湯芳鄉、東安鄉，在東安鄉小河口匯入西津河。湯芳河長30公裏，流域面積251平方公裏，其中旌德縣流域面積77.2平方公裏。10 km以上的河流支流有十陵河、葛村河、王村河。這三條河的河坡都比較大，與湯芳河呈扇形。
中津川，俗稱中和，明清時期被稱為“楊婷源頭水”。河水發源於縣中南部莊村鄉石門村塢嶺。中津川由南向北流經四個鄉鎮:莊村、夏溪、朱峰和幸平。主河道全長43km，河床最寬處58.4m，最窄處10.8m，河隙80m，平均水深0.9m，汛期水深5.2m，枯水期水深0.2m，歷史最深河流5.2m (191年1月5日)。中津川沿途接受支流32條，其中10公裏以上的有3條，最長的支流是紅龍河，長23公裏，流域面積102平方公裏。另外兩條河流為西五口河，河長10公裏，流域面積17平方公裏。楊村河長14km，流域面積27km2。
中津川流域面積311.4平方公裏，占全縣總面積的12.7%。年平均流量8.56立方米每秒，年徑流總量2.7億立方米。境內有7條主要支流:
華陽河，發源於縣城南部華陽山區，流經溪口、新田、黃渡、向陽，全長42公裏，在向陽鄉大洪村匯入水陽江。
朝陽河，發源於縣城東南部雙峰山南麓，流經宗村、前進、王村、交通等行政村，全長7.5公裏，在水東鎮附近匯入水陽江。
雙橋河，位於縣城東部，從雙橋鎮東南部楊家嘴(水陽江流段)匯入，經沈村鄉吳村灣流入南壹湖，全長21.2km。
宛溪河(又名下渡河)發源於縣城南部的紂王鄉保沖，流經紂王、下渡等鄉鎮，環繞城東，全長14公裏，在城北三岔河匯入水陽江。
牛二港位於縣城東北部，是水陽江向固城湖天然分洪的河流之壹。自防東鄉小河口，經李橋鎮流入太保圍固城湖，全長11 km。
北山河，位於縣城北部，從新河村(水陽江)匯入，在馬山埠出口至南湖，全長7公裏。
秋宮河，位於縣城北部，從官家渡(水陽江)匯入，流經金寶圍，轉向西北，在當塗縣烏溪村另壹側出，重新匯入水陽江幹流，全長22公裏。
南漪湖(簡稱南湖)——位於縣城東北部。中心坐標為東經118 56 '，北緯31 05 '，為天然淡水湖。東岸是郎溪縣，彼岸是宣城縣。全湖水域面積205平方公裏，屬縣管轄，135平方公裏。東北部接收浪川河(來自廣德縣)和中國陽江支流的水。從西南角馬山埠出口，在新河莊與水陽江匯合，直達長江。全年水深2-4米，湖底標高5-6米，最高水位12.5米，最低水位9米。自古以來就是本縣的大船。
固城湖(又名胡曉楠)——位於縣城北部，距縣城45平方公裏。全湖水域面積81平方公裏，其西南角屬該縣管轄，面積15平方公裏。其余歸江蘇省高淳縣管轄。全年水位7米左右。是水陽江縣調蓄泄洪的湖泊之壹。水陽江支流秋宮河，從花橋鄉東門穿入當塗烏溪河，長21.7km，平均寬57米，河水漫灘後平均寬208米，呈西北向分布。
朱堂河、三賢鄉立新圩、花橋鄉東門穿入秋宮河，全長14公裏。
楊清河，從三裏埂到清水鎮，是水陽江和青弋江的壹條合流河，全長11.3 km。
青山河，水陽江下遊的壹條支流，是烏當縣與大閘鄉三裏埂至小蓮心的界河，長16.3公裏。河流平均寬度為81米。石臼湖位於境內東南角，與江蘇省高淳、溧水兩縣交界處，以湖中溪流中心線為界，西屬當塗縣，東屬江蘇省。這個湖看起來像壹個石臼，所以叫它。它和丹陽、谷城並稱為三湖。上世紀50年代，水位7米時，湖面250平方公裏，容積3.8億立方米。9米處，湖面260平方公裏，容積9億立方米；湖面12米，面積263平方公裏，容積17億立方米。由於沿湖三縣不斷圍墾湖泊，已圍墾61.2平方公裏，現有湖面約200.71平方公裏。水位12米時，蓄水量13億立方米，比上世紀50年代減少4億立方米。石臼湖是古丹陽湖的解體和演變。今天湖中淤積的泥沙主要來自汛期，占年淤積量的55-84%，豐水年420萬噸(1954)，平年118000噸(1960)。有記錄的最高水位為12.41m(1954 . 8 . 22，1983.7.14)，最低水位為5.08m (1979)。湖面上有四級風，即形成0.5米高的波浪，汛期最大風力可達9級，威脅湖堤安全。
丹陽湖，簡稱胡丹，因秦代丹陽縣而得名。先秦時為巨澤，古中江流經，即與吳楚溝通“中江出西南(蕪湖縣)，東至洋縣(今江蘇宜興縣)，入海”(《漢書·地理》)。漢代中江淤塞，湖泊逐漸成型。最大的湖泊面積達3000平方公裏，形成了皖南山洪的聚集區，是江西水東流入震澤的長通道。今天的丹陽、石臼、谷城、南邑四湖，以及當塗、宣城、蕪湖、溧水、高淳五縣的湖圩區，原屬古丹陽湖。由於多次圍墾，古老的丹陽湖變成了丹陽、石臼、古城、南邑四湖。解放初期，丹陽湖面積為184平方公裏。1966 12 10，中國人民解放軍南京軍某部報安徽省批準開墾丹陽湖20平方公裏，稱丹陽湖軍墾農場。圍墾後只剩下五谷河等水面，丹陽湖不復存在。