司馬睿在建康建立政權的時間實際上是在311年。當時的西晉處於崩潰的邊緣，但並沒有明顯的滅亡。東晉建立的時間通常被認為是司馬睿稱帝的時間。東晉政權維持了長期的局部統治，其疆域壹般限於淮河以南和長江流域。
東晉雖然是司馬氏政權的延續，但是司馬氏的政治威望並不高，整個朝廷都被貴族們把持著。第壹個是出身瑯琊王家的王敦、王導，然後還有陳鈞謝家的謝安、謝玄。世家大族中，代表人物有來自南方的王、謝、袁、蕭等僑姓，以及居住在江南的朱、張、顧、陸等吳姓。東晉起初依靠權臣王導掌管大局，壹方面拉攏江南士紳，壹方面安排士紳從中原南下，把司馬家作為共同扶持的對象。
但貴族家族本身並不是真正效忠於司馬氏家族，尤其是他們都擁有大量的田地，甚至還有自己的軍隊(所謂的“部”)，有足夠的實力抗衡司馬氏政權。起初王導主持大局，東晉政權穩固，故稱“王與馬，共享天下”。但自金元皇帝下來後，內亂頻仍，前期有王敦之亂、蘇軍之亂，後期有孫恩、魯迅之亂。
東晉本身並沒有強大的實力，主要依靠長江天險在江南定居；並依靠宰相王導號召中原士紳南下避難，聯合南方各氏族，獲得他們的支持。然而，南北宗族之間頻繁發生沖突和內亂，導致東晉政權不穩。
東晉也曾多次嘗試北探，但由於內部不團結，除了晉武帝最終篡奪晉朝外，壹無所獲。祖逖曾希望恢復舊地，但他被司馬睿扣為人質，抑郁而死。桓溫的北伐被慕容垂打敗了。
東晉時，謝石和謝玄打敗了苻堅。淝水之戰發生在安徽壽縣古城八公山下的淝水上。作為肥水，來自肥西和壽縣之間的將軍山。前秦與東晉的水腳下之戰，是中國歷史上壹個著名的例子。有風聲鶴唳、草木皆兵、鞭長莫及等成語。淝水之戰後，前秦崩潰，北方大亂，再次陷入長期分裂的狀態，胡人無暇南侵。東晉時，弱者勝強者，局勢暫時穩定。
在東晉重要地區，以漢族為鎮帥，形成割據局面。劉裕起用太子為鎮帥，特別是荊州江州鎮。統甲占了國甲的半壁江山，他不得不選擇太子。從此，健康法庭不再受到大鎮的威脅。
11代之後，東晉再也沒有壹個傑出的人能夠力挽狂瀾。北方混亂的天下導致東晉頻繁的北伐，導致東晉第壹次頻繁出現手握大權的軍閥首領，東晉政治只能實行揚州-荊州二元政治。皇帝不像皇帝，大臣不像大臣。後來孫恩起義摧毀了晉朝官職賴以存在的揚州集團的經濟實力，打破了二元政治的格局。桓玄建國後，晉朝的官職失去了威信。劉裕在這種意外中迅速成長，最終成為東晉政權的掘墓人。