元朝在繼承前朝制度的基礎上，也進行了變革。在保留刑部和禦史臺的同時，設置了大量的官宅，取代大理寺。蒙古人享有許多司法特權。它也是以三大法系為主要司法機關。然而，它的職能和權力已經改變。大理寺的司法權屬於刑部，而刑部的審查權則交給了大理寺，禦史臺改名為都察院。錦衣衛、東昌、西昌等明朝的特務機構也有司法權，甚至淩駕於普通的三法司之上，直接受皇帝管轄，自行審判和執行。與此同時，明清時期的會審制度也得到了完善。死刑案件的最高決定權仍在皇帝手中。集權壹直集中在司法方面。古代司法機關的發展變化反映了皇權逐漸加強的趨勢。司法機關始終屬於行政部門，最終屬於皇帝，這表明司法只是君主專制的工具，司法獨立難以出現。