二疊紀晚期，大約2.5億年前，浩瀚的海水從中國大部分地區退去，現在開始出現大陸。當時，廣闊的喜馬拉雅-地中海區域是壹片汪洋大海，將南北半球分隔開來。地質學家稱之為“古地中海”或“特提斯海”，珠穆朗瑪峰周圍是深溝。靠近古地中海的四川和雲南東部大陸為大型盆地，地勢自東向西逐漸下降。所以古巴蜀湖(古四川盆地)附近的水系流入古巴蜀湖再由東向西流經今天的滇池進入古地中海。這是古長江最早的壹段，發源於今天的重慶地區，下遊在今天的昆明地區。回望當年的古長江，源頭不遠，流水不長，卻是“去江西”。
現代長江中下遊被當時的地質學家稱為“古鄂皖蘇盆地”。這個流域雖然有水系，但還沒有形成河流，與川滇的古長江無關。
到了古近紀，大約5000萬年前，中國大陸發生了驚天動地的喜馬拉雅造山運動。從南方加速漂移的印度次大陸，迎面撞上了歐亞板塊，對接點在今天西藏的雅魯藏布江地區，使海底擠壓褶皺。青藏高原開始上升，但不足以成山。
隨著印度板塊的不斷北移和向亞洲板塊的俯沖，整個青藏高原和雲貴高原在2000萬年前的新近紀發生隆升，最終形成了中國大陸西高東低的格局。隨著古長江下遊(雲貴高原)被擡升，古長江的出口被堵住，迫使其另尋出路，轉向南註入南海。此時，古鄂皖蘇流域的古長江水系已經形成，河水流入東海。長江分為兩部分:三峽以上的水向南流，流入南海；三峽下面的河流向東流入中國東海。三峽地區成為“兩江”的分水嶺，也是古代長江的源頭。
隨著時間的推移，隨著流水的侵蝕，長江兩岸的峽谷進壹步加寬加深，河源逐漸西推，三峽打開，使古四川盆地與古湖北、安徽、江蘇盆地相通。從此，兩條古老的長江合二為壹，沖出夔門，開始了它“青山遮不住，畢竟向東流”的浩蕩征程。
三峽大壩
可見，長江最古老的歷史始於2.5億年前，真正向東流只用了近200萬年。當它發源於青藏高原唐古拉北麓的格拉當雪山冰川時，沿途匯聚了700多條支流，形成了浩浩蕩蕩的巨流，以不可阻擋之勢吞沒了群山，割裂了群山，蜿蜒流經青海、西藏、雲南、四川、重慶、湖北、湖南、江西、安徽、江蘇、上海等地11。