古希臘哲學家亞裏士多德用性格對比的方法來區分事物，比如把溫血動物歸為壹類，以區別於冷血動物。他按照結構完善的順序排列動物，給人以自然天梯的概念。
17年底，英國植物學家雷將當時已知的植物種類描述為屬和種，其著作《植物研究新方法》是林奈之前對植物分類最全面的總結，雷還提出以“雜種不育性”作為區分物種的標準。
現代分類學誕生於18世紀，創始人是瑞典植物學家林奈。林奈為分類學解決了兩個關鍵問題:第壹個是建立了壹個二項式系統，每個物種都被賦予壹個學名，學名由兩個拉丁名詞組成，第壹個代表屬名，第二個代表種名。二是建立等級制度。林奈將自然分為三個領域:植物、動物和礦物。在動植物世界下，有四個層次:綱、目、屬、種，從而建立了分類的等級體系。
每個物種都屬於某個分類系統，占有壹定的分類位置，可以通過序元素進行檢索。林奈在1753出版的《植物誌》和1758出版的《自然系統》中首次將秩系統應用於植物和動物。這兩部經典著作標誌著現代分類學的誕生。
林奈認為物種不變，他的自然系統沒有親緣關系的概念，其中六個動物類按哺乳動物、鳥類、兩棲動物、魚類、昆蟲和蠕蟲的順序排列。拉馬克把這個顛倒的系統顛倒過來，列為從低到高的進化系統。他還將動物分為脊椎動物和無脊椎動物，這種方法壹直沿用至今。
因為當時林奈的進化論觀點沒有得到認可，所以對分類學的影響不大。直到1859年達爾文的《物種起源》壹書的出版，進化論的思想才在分類學上得到貫徹，並明確了分類學的研究是探索生物之間的親緣關系，這樣分類系統就成了生物譜系學——系統分類學誕生了。