中國漢代就有南海諸島的記載。元朝史料將“千裏長沙”(今南沙群島)劃歸海南島管轄。明代鄭和下西洋途經西沙、南沙，留下了南海的航海圖。
在近代，中國在南海的主權最重要的依據是傳統的領土線，即“九段線”。抗日戰爭勝利後，中國政府接管了南海諸島。1946年，國民黨當局覺得南海地圖混亂，開始了南海的劃界工作。當時負責劃界的壹艘軍艦名為“永興號”——西沙群島最大的島嶼永興島就以此命名。
1947年，當時的“內政部”完成了南海的劃界，即“九段線”。這條線最南端至4° N的曾母暗沙奠定了今天中國南海邊界的基本走向。黃巖島也在中國領海範圍內。
據專家介紹，黃巖島是中國固有領土的另壹個證明是，1898年美西戰爭結束時，以北緯118劃界，北面為菲律賓領海；但是黃巖島的位置大概是117 48 '，也是在菲律賓的領土之外。
目前菲律賓的相關法律已經將距離海岸200多海裏的壹些地方納入其領土範圍，這不符合《聯合國海洋法公約》的基本原則。
“在1947劃界後的四分之壹世紀裏，鄰國沒有提出任何異議。這就產生了國際法意義上的歷史性主權。”北京大學國際關系學院副教授張誌熔說，“南海爭端起源於20世紀60年代末和70年代初中國近海油氣資源的發現。”