東漢時，在滅族和馬漢的壓力下，宣土縣全部和樂浪縣的壹部分被廢棄，疆域縮小。東漢末年，公孫氏家族占領樂浪縣，向南發展，建立代坊縣(沙梨園以南，北黃海道，朝鮮)。
公孫氏家族以及後來的曹魏、西晉也基本控制了今天朝鮮北部北大峰山以東的地區。很快，高句麗崛起，越來越強大。到西晉末年，它完全占領了樂浪縣，南方的馬漢政權也吞並了代坊縣。中原王朝在朝鮮半島設立正式行政區的歷史就此結束。高句麗繼續向西侵犯屬於顏倩和後燕的遼東和宣土縣(宣土縣移至沈陽城以東)。404年又從北魏奪取了遼水以東的土地。427年，遷都朝鮮平壤，中原王朝和高句麗統治了遼河。
楊迪三次下西洋並沒有恢復中原王朝在遼東的統治。唐朝安東遷至遼東，邊疆政權渤海興起，占領中國東北、朝鮮北部和俄國遠東地區，後為遼所滅。
遼的疆域還延伸到朝鮮北部。取代遼國的金也繼承了遼國在朝鮮東北的領土。蒙古(元)變得強大，擁有朝鮮半島的東北部，王成為元朝的附庸。明太祖朱元璋將朝鮮列為永不征服的國家，並正式以鴨綠江為界。從此，中國和朝鮮以鴨綠江為界。