第壹，東方鸛無論是體型還是口峰、跗骨、尾羽的長度，都比歐洲鸛大。此外，東方鸛的嘴是黑色的，略上翹，眼睛、眼周和喉嚨周圍裸露的皮膚是紅色的，而歐洲鸛的嘴是紅色的，形狀筆直，不向上。
其次，在生態學上，東方鸛脾氣暴躁，攻擊性強。它們喜歡住在遠離人類居住的地方，在樹上築巢，獨自成對築巢。歐洲鸛溫順好鬥，喜歡生活在人類居住地附近。它們大多在屋頂、煙囪、稻草堆、電線桿上築巢，經常成群結隊。
第三，東方鸛對各種入侵者都表現出威脅性的行為反應，而歐洲鸛只有在被同類入侵時才會表現出這種行為，此時的行動是不同的。東方鸛壹般會伸直脖子，左右擺動，翅膀半開，但不上下攪動，腳隨著脖子的擺動而動，脖子出現“口響”。歐洲鸛彎著脖子，不左右擺動，翅膀半開，有節奏地上下攪動，腳不隨脖子擺動而動。“口響”出現在脖子向後仰後；此外，東方鸛在求偶時，雌雄都有“口鳴”，而歐洲鸛只有雌鸛有“口鳴”。
第四，東方和歐洲鸛的繁殖地和越冬地相距4000多公裏，長期處於生殖隔離狀態。