根據地理變遷和歷史淵源，今天的南通大致分為南北兩部分。南通的西北部是最早形成陸地的地方，是羊胎港陸地的外緣。5000多年前人類就已經生活繁衍了。今天有青墩遺址(青墩文化)等古文化遺跡，絕大部分休息區是近2000年海上沙洲上升逐漸形成的。隨著人口的遷移和漁鹽農耕經濟的發展，各級行政組織逐漸建立起來。今天南通北部的海安、如臯壹帶，春秋戰國時期分屬吳越、楚等國。東晉藝兮七年(411)，寧海、如臯兩縣所在地，隸屬海陵郡，是北方地區設縣的開始。今天南通南部的前身是通海地區。
截至2020年7月，南通下轄3個區(崇川區、通州區、海門區)、1個縣(如東縣)、3個縣級市(啟東市、如臯市、海安市)，總面積8001平方公裏。65個鎮，38個街道，1301個行政村，624個社區，6個托幼機構。
崇川區
街道(21):鐘秀街、任剛街、文峰街、城東街、和平橋街、新城橋街、虹橋街、學田街、觀音山街、狼山鎮街、永興街、唐閘鎮街、天生崗鎮街、秦竈街、陳橋街、幸福街、朱航街、小海街、中興街。
通州區
街道(4個):金沙街、金鑫街、先鋒街、興東街；
城鎮(12):石崗鎮、三余鎮、平潮鎮、師宗鎮、二甲鎮、吳潔鎮、劉橋鎮、任新、西亭鎮、東社鎮、川江鎮、張至善鎮。
海門區
街道(3個):海門街、濱江街、三場街；
鄉鎮(9):三星鎮、臨江鎮、長樂鎮、悅來鎮、四甲鎮、魚洞鎮、於正鎮、常寶鎮、海永鎮。
如東縣
街道(3):挖港灣街道、城中街道、聚鎮街道；
鄉鎮(12):馬塘鎮、新店鎮、長沙鎮、曹埠鎮、岔河鎮、雙店鎮、栟茶鎮、莊媛鎮、大余鎮、河口鎮、洋口鎮、豐利鎮。
啟東市
城鎮(12):回龍鎮、呂四崗鎮、北新鎮、惠平鎮、陰陽鎮、東海鎮、離岸鎮、南陽鎮、海富鎮、合作鎮、王寶鎮、騎龍鎮。
如臯市
街道(3):如市街、北街、南街；
鄉鎮(11):搬經鎮、陳侗鎮、磨頭鎮、吳窯鎮、丁彥鎮、九華鎮、長江鎮、夏媛鎮、白蒲鎮、石莊鎮、江安鎮。
海安市
街道(4):海安街、孫莊街、姬胡街、鄭龍街。
鎮(9):角斜鎮、鮑莉鎮、大公鎮、白店鎮、城東鎮、崖州鎮、南磨鎮、墩頭鎮、曲塘鎮。