長期以來，傳統的壹元雇傭制所形成的人員過剩和勞動力停滯不前是新形勢下二元勞動關系現象產生的深刻歷史背景。由於進入企業的單位必須由國家分配，而進入企業的人員仍然無法流動，相當壹部分員工將勞動關系掛在企業內，另壹部分則以停薪留職、名義貸款等形式離開企業。制度實施以來，他們以不找工作、外出打工、請長假、請長病假等多種方式離開了企業。，在社會上從事有經濟收入的生產經營勞動，把關系留在企業，讓企業為他們承擔社會義務，這就成了企業的負擔。統包統配就業制度的後遺癥是雙重勞動關系的主要來源。
雙重勞動關系的出現是勞動合同管理制度的不完善。勞動合同管理制度仍在部分企業推行。壹些企業的法定代表人始終沿用計劃經濟時期的勞動管理模式，用行政手段管理企業和員工，這已遠遠不能適應市場經濟條件下迅速變化的形勢。在企業的勞動管理中，出現了兩種現象，即不找工作，假裝請長假。看似這些員工不拿企業的工資，減輕了企業的負擔，實際上並沒有減輕。企業還要為他們繳納養老保險費和各種社會負擔。壹些企業領導在認識、手段、管理上不能適應市場經濟的發展，不能運用勞動合同制度加強對員工的管理，使得雙重勞動關系不斷產生和蔓延。