藤野嚴九郎出生在福井縣，幾代人都是醫生。藤野嚴九郎是藤野的第六代醫生。他出生於1874，1年7月。父親9歲去世，由大哥和二哥撫養。嚴九郎排名第三。上小學的時候，他還跟酒井藩市學校的老師野阪先生學過漢學。1892年4月，從福井學校退學，進入愛知醫學院。1896年6月畢業，留校做解剖學老師Narasaka的助理。1897年5月取得醫師執業證書。同年7月後，在東京帝國大學醫學院學習解剖學壹年。1901年10月，藤野應聘到仙臺醫學院擔任解剖學講師，當時藤野剛滿27歲。他和Bubo Jujiro教授擔任第壹年的解剖學理論，他還擔任第二年的解剖學實踐和局部解剖學。壹年級的主修課只有解剖學，壹年級的正、副班主任壹般照常由富博和藤野擔任。班主任管理的範圍很廣。按照仙臺醫學院當時的規定，比如學生的學習態度，學生的管理和教學，考勤，考試成績的統計，教室的整理和保管都是由校長和副班主任負責的。
1911年，東北帝國大學成立，1912年，仙臺醫學院合並成為東北帝國大學醫學部。所有的教學樓、教職員工和學生都留在原來的班級。1915年決定成立東北帝國大學醫學院。由於學歷不足，藤野被迫於6月底提出“免職請求”。1年7月被降為臨時講師，8月9日被解除講師職務。
因為生活所迫，藤野以為自己可以在耳鼻喉科找到壹份工作，在東京三井公司的慈善醫院找到壹份工作。1919回到家鄉自立診所，於1945年在福井去世。
1904年7月6日，大約在魯迅到達仙臺的兩個月前，藤野由講師晉升為教授。
藤野過著簡樸的生活。那時候教授們都是坐人力車上下課，藤野走路。他住在Konghorimachi，離仙臺醫學院步行3到5分鐘。魯迅在離開仙臺之前去過他家。他送給魯迅壹張照片，上面寫著:“永別藤野周君”，為了安慰藤野，魯迅故意說:“我要學生物，老師教我的知識還是有用的。”據說藤野後來告訴他的侄子藤野健三郎:“周俊是個好學生...但他不是醫生。好像是為了學習生物學才去學生理學和解剖學的。”津三郎說，從藤野先生的語氣中，他相信了魯迅臨走時想學生物學安慰他的話。
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