腎結石手術是壹個大手術。目前腎結石的手術主要有經皮腎鏡鈥激光碎石術、輸尿管軟鏡鈥激光碎石術、腎盂切開術和腹腔鏡腎盂切開術。目前越來越多的采用微創手術方式。
如果腎結石結石直徑小於2.0 cm，可考慮軟輸尿管鏡鈥激光碎石術。如果結石直徑大於2.0 cm，腎積水較重，可以考慮經皮腎鏡取石或激光碎石。腎結石如果同時存在腎輸尿管交界處狹窄，可以考慮腹腔鏡腎盂切開取石術。目前很少有開放的腎切開取石手術。
目前腎結石的治療多采用微創手術方法，常用的手術方法有輸尿管鏡碎石術和經皮腎鏡取石術。輸尿管軟鏡采用逆行進路，將導絲插入輸尿管，經硬性輸尿管鏡或軟性輸尿管鏡的鞘管擴張後，輸尿管軟鏡沿導絲進入腎盂發現結石，用鈥激光將結石粉碎成小而易排出的碎石，較大的碎石可用置石網籃取出。經皮腎鏡取石術(PCNL)是在超聲或X線引導下，用細針經腰背部穿刺到達腎盞或腎盂，從而擴張並建立從皮膚到腎臟的通道。結石或碎石術在腎鏡下進行，較小的結石用取石鉗通過腎鏡取出，較大的結石粉碎後用水沖洗。腎結石目前很少采用開放手術，常用的手術方法有:腎盂切開術、腎取石術和腎部分切除術。