“荷蘭東印度公司”在巴達維亞(今天的雅加達)設立了“貿易和行政總部”。在殖民時期，荷蘭人將註意力集中在雅加達和其他沿海城市，如三寶壟和泗水。荷蘭殖民者也通過壹些順從的地方勢力間接統治著這個多山的島嶼，比如中爪哇的馬德蘭王國。
19世紀，荷蘭政府從荷蘭東印度公司手中接管了東印度。1830年，荷蘭統治者開始變相實行所謂的“農耕制度”(Dutch cultuurstelsel en cultuurprocenten)，導致大範圍的饑荒和貧困。各種政治和社會抵抗運動隨即發生，其中壹位名叫穆爾塔圖裏的荷蘭作家寫了壹部名叫馬克斯·哈韋拉爾的小說，以抗議當時的社會狀況。迫於各種抵抗運動的壓力，1901年，荷蘭議會通過了倫理政策(Etnisch beleid)，客觀上讓壹部分爪哇人接觸到了荷蘭教育。在這些人中，出現了許多傑出的印尼民族主義者，並在二戰後的印尼獨立運動中發揮了重要作用。